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更新于 10-29 00:09

数据与分析

17,107 个结果

drugbank-database

DrugBank Database 是一个用于访问和分析 DrugBank 综合药物数据库的技能,涵盖约 9,591 条药物条目(含 2,037 个 FDA 批准的小分子、241 个生物技术药物、96 个营养保健品及 6,000 多个实验化合物),每条目含 200 多个数据字段。该技能通过 Python 提供数据下载与认证、药物信息查询、药物相互作用分析、药物靶点与通路分析、化学性质与相似性计算等能力,适用于药物发现、多重用药安全分析、药物重定位研究及药理学研究等场景。

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ena-database

ENA Database 技能用于通过 REST API 与 FTP 访问欧洲核苷酸档案库(European Nucleotide Archive,ENA),检索 DNA/RNA 序列、原始测序读段(FASTQ)、基因组组装及功能注释等数据,适用于基因组学与生物信息学流程。该技能覆盖 ENA 的层级化数据类型(研究/项目、样本、实验、运行、组装、序列、分析、分类记录),提供 Portal API、Browser API、分类学 REST API、交叉引用服务与 CRAM 参考序列注册表等程序化访问方式,并支持 XML、JSON、TSV/CSV、FASTQ、BAM/CRAM、FASTA、EMBL 等多种格式。所有 API 限速为每秒 50 次请求,超出将返回 HTTP 429。技能还包含批量下载(FTP、Aspera、enaBrowserTools)与 BLAST 集成等实践建议,并附带 API 参考文档。

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flowio

FlowIO 是一个轻量级的 Python 库,用于读写流式细胞术标准(FCS)文件,支持 FCS 2.0、3.0 和 3.1 版本。它的主要用途是解析 FCS 文件的元数据与通道信息,并将事件数据提取为 NumPy 数组,便于后续分析或转换。FlowIO 依赖极少,适合后端服务、数据管道以及基础的细胞术文件操作。用户可以用它读取文件版本、事件数、通道标签、采集日期、仪器名称等信息,也能将事件数据导出为 CSV 或 Pandas DataFrame。此外,FlowIO 支持创建新的 FCS 文件,可将 NumPy 数组写入 FCS 3.1 格式(单精度浮点),并自定义 TEXT 段元数据。它还能处理多数据集 FCS 文件、检测偏移差异并允许忽略错误,以及通过 only_text 参数进行内存高效的元数据读取。安装命令为 uv pip install flowio,要求 Python 3.9 或更高版本。对于需要补偿、门控或 FlowJo 支持的高级分析,建议搭配 FlowKit 库使用。

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geopandas

GeoPandas 是一个基于 pandas 的 Python 库,用于处理地理空间矢量数据,支持 Shapefile、GeoJSON、GeoPackage 等格式。它结合了 pandas 的数据处理能力和 shapely 的几何操作,提供 GeoSeries 和 GeoDataFrame 两种核心数据结构,可进行坐标参考系管理、几何运算、空间连接、叠加分析、融合以及静态和交互式地图可视化。适用于地理数据分析、空间查询、多源数据整合等场景。

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hmdb-database

HMDB(人类代谢组数据库)是一个免费开放的小分子代谢物综合资源库,收录人体内水溶性和脂溶性代谢物信息。当前版本 v5.0 包含 220,945 条代谢物条目、8,610 条代谢相关酶与转运蛋白序列,每条代谢物提供 130 多个数据字段,涵盖化学性质(结构、分子式、分子量、InChI、SMILES)、临床数据(生物标志物关联、疾病、正常/异常浓度)、生物学信息(通路、反应、定位)、波谱数据(NMR、MS、MS-MS)以及 KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt、GenBank 等外部数据库链接。该技能适用于代谢组学研究、临床化学、生物标志物发现和代谢物鉴定等任务,支持通过网页界面进行文本、结构(ChemQuery)、波谱和高级组合检索,也提供 XML、SDF、FASTA、TXT、CSV/TSV 等格式的批量数据下载。HMDB 不提供公开 REST API,程序化访问需联系开发团队,或使用 R/Bioconductor 的 hmdbQuery 包及本地解析下载数据集。学术和非商业研究免费使用,商业用途需获得明确许可。

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metabolomics-workbench-database

该技能通过 REST API 访问美国 NIH 资助、托管于 UCSD 的 Metabolomics Workbench 代谢组学数据平台,可查询 4,200 多项研究(其中 3,790+ 项公开)、RefMet 标准化代谢物命名、GC-MS/LC-MS/NMR 数据、m/z 搜索及研究元数据。支持按 PubChem CID、InChI Key、KEGG ID、HMDB ID 等标识符检索化合物信息,下载 MOL/PNG 结构,访问研究摘要与实验数据(含 mwTab 格式),按离子加合物和质量容差进行质谱搜索,使用 MetStat 按分析方法、极性、色谱类型、物种、样本来源、疾病等条件筛选研究,并查询基因与蛋白质信息。输出支持 JSON 与 TXT 两种格式。适用于代谢组学数据检索、代谢物命名标准化、质谱化合物鉴定和疾病相关研究探索。

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