用途:对科学数据文件执行探索性数据分析(EDA),自动识别文件类型,进行格式专属分析、数据质量与完整性评估,并生成可供文档记录和后续分析规划使用的Markdown报告。
主要能力:自动检测并分析200多种科学文件格式;提取格式专属元数据;数据质量与完整性评估;统计摘要与分布分析;可视化建议;后续分析建议;生成Markdown报告。
覆盖格式分六类:化学与分子(60+扩展名,如.pdb、.cif、.mol、.xyz、.dcd等);生物信息与基因组(50+,如.fasta、.fastq、.sam、.bam、.vcf、.h5ad等);显微与成像(45+,如.tif、.nd2、.lif、.czi、.dcm、.nii等);光谱与分析化学(35+,如.fid、.mzML、.mzXML、.mgf等);蛋白质组与代谢组(30+,如.mzML、.mzid、.mzTab等);通用科学数据(30+,如.npy、.csv、.xlsx、.hdf5、.zarr、.parquet、.mat等)。
使用方式:用户提供科学数据文件路径后,先由扩展名识别文件类型并确定所属分类,再读取对应参考文件获取典型数据、使用场景、Python库与EDA方法;随后可用脚本 scripts/eda_analyzer.py <filepath> [output.md] 执行分析,或在对话中按数据类型自行分析;生成的报告可参考 assets/report_template.md 结构,保存为 {original_filename}_eda_report.md。
适用场景:需了解科学数据结构与内容、在分析前生成综合报告、评估数据质量或完整性、判断适合的分析类型时。
限制:部分格式依赖专用库(如biopython、pysam、rdkit、mdanalysis、tifffile、nd2reader、aicsimageio、pydicom、nmrglue、pymzml、pyteomics、pandas、numpy、h5py、scipy),缺失需安装;超大文件建议采样、内存映射或分块处理;扩展名未收录时需向用户确认格式。具体安装命令与脚本内部实现细节依据资料仅提供部分示例,其余暂未提供。