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更新于 10-29 00:09

数据与分析

17,102 个结果

deepchem

DeepChem 是一个面向化学、材料科学与生物学的分子机器学习 Python 工具库。它提供分子数据加载与处理（支持 SMILES、SDF、FASTA 等格式）、分子特征化（指纹、描述符、图表示）、数据划分（如 ScaffoldSplitter 防止数据泄漏）、多种模型（传统机器学习、深度网络、GCN/GAT/MPNN/AttentiveFP 等图神经网络）以及 MoleculeNet 基准数据集（Tox21、BBBP、Delaney 等 30 余个）的快速调用。它支持迁移学习，可微调 ChemBERTa、GROVER、MolFormer 等预训练模型，用于分子性质预测（如 ADMET、毒性、溶解度、结合亲和力）、晶体/材料性质预测和蛋白质/DNA 序列分析。该技能适合药物发现、材料设计与生物分子分析等场景。

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kegg-database

KEGG Database 是一个通过 REST API 直接访问 KEGG（京都基因与基因组百科全书）的技能，仅限学术用途。它支持通路分析、基因-通路映射、代谢通路查询、药物相互作用检查以及 ID 转换等操作，主要面向 Python 环境。该技能提供 Python 辅助函数（scripts/kegg_api.py）和详细参考文档（references/kegg_reference.md），涵盖数据库信息查询、条目列表、关键词与分子属性搜索、条目检索、ID 转换、交叉引用和药物-药物相互作用等核心操作，并附带多种常见分析工作流。

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matchms

Matchms 是一个开源的 Python 库，用于质谱数据的处理与分析，面向代谢组学和质谱分析场景。它支持从 mzML、mzXML、MGF、MSP、JSON 等多种格式导入谱图，并对元数据进行标准化、峰过滤和化学注释处理。库内提供余弦相似度（CosineGreedy、CosineHungarian）、修饰余弦（ModifiedCosine）、中性丢失余弦、指纹相似度等多种谱图相似性度量，可用于未知谱图与参考库的匹配和化合物鉴定。Matchms 还支持通过 SpectrumProcessor 构建可重复的多步骤处理流程，并提供 Spectrum 对象用于管理 m/z、强度和元数据。安装方式为 uv pip install matchms，如需分子结构处理（SMILES、InChI）可安装 matchms[chemistry]。

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scikit-bio

scikit-bio 是一个用于处理生物数据的综合 Python 库，适用于生物信息学分析，涵盖序列操作、比对、系统发育、微生物生态学与多元统计。它支持 DNA、RNA、蛋白质等生物序列的读写与转换，可处理 FASTA、FASTQ、GenBank、Newick、BIOM 等 19 种以上生物文件格式。主要能力包括：序列比对（全局/局部、多序列比对）、系统发育树构建与分析（UPGMA、邻接法、GME、BME）、多样性指标计算（alpha/beta 多样性、UniFrac 距离）、排序分析（PCoA、CCA、RDA）、生态统计检验（PERMANOVA、ANOSIM、Mantel）以及蛋白质语言模型嵌入的处理。该库可与 Biopython、pandas、polars、AnnData、scikit-learn 及 QIIME 2 生态集成，常用于微生物组多样性分析、系统发育分析和比较基因组学等场景。安装命令为 uv pip install scikit-bio。

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statistical-analysis

Statistical analysis（统计分析）是一套用于检验假设和量化变量关系的技能工具包，主要面向学术研究场景。它支持常见的假设检验，包括 t 检验、方差分析（ANOVA）和卡方检验；也支持回归、相关分析以及贝叶斯统计。工具强调在正式分析前进行假设检验（如正态性、方差齐性、线性、异常值检测），并计算效应量与置信区间，同时可进行功效分析以确定所需样本量或评估研究可检测的效应。结果可按 APA 格式报告，便于论文写作与学术发表。该技能提供配套参考文档与 Python 脚本，使用 scipy.stats、statsmodels、pingouin、pymc、arviz 等库完成分析、诊断与可视化。适用场景包括实验或观察性数据的统计分析、研究规划与结果报告。具体安装命令、收费与价格信息暂未提供。

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uspto-database

USPTO Database 是一个用于访问美国专利商标局（USPTO）系列 API 的技能，面向专利与商标检索、审查历史查询和知识产权分析。它可检索专利的关键词、发明人、受让人、分类和日期信息，获取专利权利要求、摘要与引用数据；通过 PEDS 查询专利申请的审查历史与事务记录；通过 TSDR 获取商标状态、归属与审查历史；还可跟踪专利与商标的转让记录、分析引用关系、获取审查意见通知书（Office Action）、PTAB 程序与专利诉讼记录。所有 USPTO API 均需在官方平台注册并获取 API 密钥，通过环境变量配置。该技能提供 Python 辅助脚本，封装专利检索、PEDS 和商标客户端，便于执行搜索与分析任务。适用于专利检索、现有技术调查、商标监控、专利组合分析等知识产权相关场景。

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zinc-database

ZINC Database 是由加州大学旧金山分校（UCSF）维护的免费可购买化合物数据库，目前 ZINC22 版本收录超过 2.3 亿个可购买化合物，并包含十亿级规模的按需合成化合物。该技能通过 CartBlanche22 网页界面与 API 提供查询能力：可按 ZINC ID 或 SMILES 检索化合物，进行相似性/类似物搜索，按供应商代码查询，随机采样化合物子集，并获取用于分子对接的 3D 结构。常见用途包括虚拟筛选、先导化合物发现、化学空间探索和对接库准备。所有 API 以文本或 JSON 返回数据，可通过 output_fields 自定义输出字段，如 zinc_id、smiles、supplier_code、catalogs、tranche 等。tranche 字段编码了氢键供体数、LogP、分子量和反应性相位，便于按类药性筛选化合物。3D 结构可从 files.docking.org/zinc22/ 文件仓库下载，支持 MOL2、SDF、DB2.GZ 等格式。

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detect-palladium-lead-silver-turns

这是一个用于检验“钯金领先白银”假说的分析技能：以交叉相关估计钯金相对白银的最佳领先滞后K棒数，当白银出现拐点时，检查钯金是否在确认窗口内先行或同步出现同向拐点，并将未被确认的拐点标记为“失败推动”。技能可输出确认率、未确认事件失败率、每个事件明细判定（confirmed、participation、failed_move）以及行情解读与风控建议，支持单次侦测、历史回测与持续监控，并可生成 Bloomberg 风格或传统三合一可视化图表。

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