SuperAPI AI 工具集

cellxgene-census

数据与分析

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更新于 10-15 21:33

技能介绍

用途:通过 cellxgene-census API 查询 CZ CELLxGENE Discover 标准化单细胞数据,支持按细胞类型、组织、疾病、供体等元数据筛选,获取原始表达矩阵、预计算嵌入与统计,并接入 scanpy、PyTorch 等分析框架,适合群体规模或跨数据集研究。

主要能力:使用 open_soma() 以上下文管理器打开数据;用 get_obs()、get_var() 查询细胞与基因元数据;用 get_anndata() 获取中小规模表达数据;用 axis_query() 对超出内存的大规模查询做分块流式处理;用 get_presence_matrix() 检查基因在哪些数据集中被测;experimental.ml 模块提供 PyTorch 的 DataLoader 与训练/测试集划分。

使用方式:先安装 uv pip install cellxgene-census,机器学习流程加装 uv pip install cellxgene-census[experimental]。查询时通过 obs_value_filter 过滤细胞、var_value_filter 过滤基因,用 and/or/in 组合条件,并用 obs_column_names 只选所需列。可用 census_version 指定版本以保证可复现。

适用场景:探索某组织中的细胞类型、查询标记基因表达、训练细胞类型分类器、跨组织或多数据集整合分析。

限制与注意:建议始终加 is_primary_data == True 避免重复计数;加载前先估计细胞数量,超过约 10 万应考虑分块处理;基因名区分大小写,必要时用 feature_id;元数据字段、完整模式与更多代码示例见其 references/census_schema.md 与 references/common_patterns.md;未提供的收费、平台与效果信息暂未提供。