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更新于 10-25 00:14

数据与分析

16,925 个结果

cosmic-database

COSMIC Database 是一个用于访问 COSMIC(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer,癌症体细胞突变目录)癌症突变数据库的技能。COSMIC 是探索人类癌症体细胞突变的最大、最全面的数据库,收录了数千种癌症类型中的数百万个突变、经过专家整理的癌症基因列表、突变特征以及临床注释。该技能支持以编程方式下载和查询癌症突变数据,包括体细胞突变、Cancer Gene Census、突变特征、基因融合、结构变异、拷贝数变异、耐药突变和癌症细胞系基因组数据。使用前需要注册账号:学术用户可在 https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/register 免费注册,商业用户需通过 QIAGEN 获取许可。Python 依赖通过 uv pip install requests pandas 安装。该技能提供 scripts/download_cosmic.py 脚本,支持命令行和函数调用两种方式下载数据,数据支持 GRCh38 和 GRCh37 两种参考基因组,文件格式包括 TSV/CSV(gzip 压缩)和 VCF。适用于癌症研究、精准医学、生物信息学流程集成等场景。

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dask

Dask 是一个用于并行与分布式计算的 Python 库,可将 pandas、NumPy 等操作扩展到超出内存的数据集。它支持单机处理大于内存的数据、利用多核并行加速计算,并可跨多台机器进行分布式计算,规模从笔记本(约 100 GiB)到集群(约 100 TiB)不等,同时保持熟悉的 Python API。该技能适用于处理超过可用内存的数据集、将 pandas 或 NumPy 操作扩展到更大数据、并行化计算、高效处理多个文件(CSV、Parquet、JSON、文本日志)以及构建带任务依赖的自定义并行工作流。Dask 提供五个核心组件:DataFrames(并行 pandas 操作)、Arrays(并行 NumPy 操作)、Bags(非结构化数据的并行处理)、Futures(基于任务的并行化)和 Schedulers(执行后端)。

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geo-database

GEO Database 技能用于访问 NCBI 基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus),检索和下载基因表达与功能基因组学数据。GEO 是 NCBI 的公共存储库,收录超过 264,000 项研究、800 多万个样本,涵盖微阵列和测序实验。该技能适用于搜索基因表达数据集、获取实验数据、下载原始与处理后文件、查询表达谱,以及将 GEO 数据整合到计算分析流程中。核心能力包括理解 GEO 的分层数据组织(GSE 系列、GSM 样本、GPL 平台、GDS 数据集、Profiles 表达谱),使用 Entrez 进行数据集与表达谱搜索,通过 GEOparse 库下载和解析数据,使用 NCBI E-utilities 进行底层元数据访问,通过 FTP 直接下载数据文件,以及对 GEO 数据进行质量控制、差异表达分析、相关性与聚类分析等。

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instructor

Instructor 是一个用于从大语言模型(LLM)响应中提取结构化数据的 Python 库。它结合 Pydantic 模型定义输出结构,自动校验 LLM 返回结果,并在校验失败时把错误反馈给模型进行自动重试。它支持解析复杂 JSON、类型安全校验,以及流式返回部分结果,适合需要可靠结构化输出的数据提取、分类、多实体抽取和批量处理等任务。Instructor 提供 Anthropic、OpenAI 以及本地模型(如 Ollama)等多种提供商的统一 API,允许通过 Field、Enum、自定义验证器等方式约束输出内容。资料显示其在 GitHub 上拥有 15,000+ 星标,并被 100,000+ 开发者使用。安装通过 pip 完成,并可按提供商选择相应扩展。

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scikit-bio

scikit-bio 是一个用于处理生物数据的综合 Python 库,适用于生物信息学分析,涵盖序列操作、比对、系统发育、微生物生态学与多元统计。它支持 DNA、RNA、蛋白质等生物序列的读写与转换,可处理 FASTA、FASTQ、GenBank、Newick、BIOM 等 19 种以上生物文件格式。主要能力包括:序列比对(全局/局部、多序列比对)、系统发育树构建与分析(UPGMA、邻接法、GME、BME)、多样性指标计算(alpha/beta 多样性、UniFrac 距离)、排序分析(PCoA、CCA、RDA)、生态统计检验(PERMANOVA、ANOSIM、Mantel)以及蛋白质语言模型嵌入的处理。该库可与 Biopython、pandas、polars、AnnData、scikit-learn 及 QIIME 2 生态集成,常用于微生物组多样性分析、系统发育分析和比较基因组学等场景。安装命令为 uv pip install scikit-bio。

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senior-data-scientist

这是一个面向生产级 AI/ML/数据系统的资深数据科学家技能,聚焦统计建模、实验设计、因果推断与高级分析。技能覆盖从实验设计、特征工程到模型评估与部署的完整流程,提供可执行的 Python 脚本入口,并配套统计方法、实验设计框架、特征工程模式三类参考文档。技术栈涉及 Python/SQL/R/Scala/Go,PyTorch、TensorFlow、Scikit-learn、XGBoost,Spark、Airflow、dbt、Kafka、Databricks,以及 LangChain、LlamaIndex、DSPy 等 LLM 框架和 Docker、Kubernetes、AWS/GCP/Azure 等部署工具。内容还包含可扩展数据处理、ML 模型部署、实时推理三类生产模式,以及性能目标、安全合规要求、常用开发/训练/部署/监控命令,并强调技术领导力、团队协作与持续优化。适用于需要构建高可用、可扩展数据科学系统的场景。

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