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exploratory-data-analysis

数据与分析

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更新于 10-16 03:14

技能介绍

用途:对科学数据文件执行探索性数据分析(EDA),自动识别文件类型、提取格式相关元数据、评估数据质量与统计特征,并生成适合记录和后续分析规划的Markdown报告。

主要能力:覆盖200多种科学文件格式,分为化学与分子(60多种,如.pdb、.mol2、.dcd)、生物信息与基因组(50多种,如.fastq、.bam、.vcf)、显微与成像(45种,如.nd2、.czi、.dcm)、光谱与分析化学(35种,如.mzML、.jdx)、蛋白质组与代谢组(30种,如.mzid、.mzTab)、通用科学数据(30多种,如.csv、.hdf5、.npy)。提供格式检测、元数据提取、数据质量评估、统计摘要、可视化建议与后续分析建议,并输出Markdown报告。

使用方式:用户提供文件路径后,先按扩展名在对应参考文件中查找格式说明,再选择运行脚本或自定义分析。脚本用法:python scripts/eda_analyzer.py <filepath> [output.md];报告模板位于 assets/report_template.md,参考文件位于 references/ 下,报告按 {original_filename}_eda_report.md 命名。

适用场景:在正式分析前了解数据结构与内容、评估数据质量或完整性、判断适合的分析方法、处理多文件比较与质控。

限制:许多格式需额外安装专用库(如 biopython、pysam、rdkit、mdanalysis、nd2reader、pydicom 等),资料中未给出统一收费或价格信息;对超大文件建议采样;未知扩展名需询问用户或按文本/二进制结构做通用分析。具体平台支持与官方文档暂未提供。