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Dask 是一个 Python 并行与分布式计算库,可将 pandas/NumPy 工作流扩展到超出内存的数据规模。它提供 DataFrame、Array、Bag、Futures 和多种调度器,支持单机多核到多机集群的并行执行,适合处理大数据集、多文件并行与自定义任务图。
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更新于 10-22 00:14
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Dask 是一个 Python 并行与分布式计算库,可将 pandas/NumPy 工作流扩展到超出内存的数据规模。它提供 DataFrame、Array、Bag、Futures 和多种调度器,支持单机多核到多机集群的并行执行,适合处理大数据集、多文件并行与自定义任务图。
用于查询 Google Data Commons 公开统计数据的技能,基于 Data Commons Python API v2,可解析地理实体并拉取人口、经济、健康等时间序列统计。
Datamol 是封装 RDKit 的 Python 化学信息学库,提供 pandas 友好的高层接口,用于分子格式转换、标准化、描述符与指纹计算、聚类多样性选择、骨架与片段分析、3D 构象生成和分子可视化,适合日常药物发现中的批量分子数据处理。
DeepChem 是用于化学、材料与生物领域的 Python 机器学习库,支持分子性质预测、药物发现、材料设计等。本技能提供数据加载、分子特征化、Scaffold 数据划分、MoleculeNet 基准、预训练模型迁移学习与模型评估的用法说明。
面向 DrugBank 数据库的学术技能:以 Python 程序化访问并分析药物信息,涵盖药物属性、相互作用、靶点、通路、化学结构与药理学数据,用于药物发现、多重用药安全与重定位研究。
通过 ENA 的 REST API 与 FTP 获取 DNA/RNA 序列、原始测序读长(FASTQ)和基因组组装等核苷酸数据,支持按登录号检索、元数据搜索、分类信息查询及批量下载,适用于基因组学与生物信息学流程。
通过 openFDA 公开 API 查询 FDA 监管数据的技能,覆盖药品、医疗器械、食品、兽药及物质标识(UNII)等数据集,支持不良事件、召回、审批与标签查询。
FlowIO 是一个轻量级 Python 库,用于读写流式细胞术标准(FCS)2.0、3.0、3.1 文件,可解析元数据、将事件数据提取为 NumPy 数组并创建新 FCS 文件,适合后端服务与数据管道中的基础细胞术文件操作。
通过 NCBI E-utilities 与 Datasets API 查询 NCBI Gene 数据库的技能,支持按基因符号或 Gene ID 检索基因信息(RefSeq、GO 注释、基因组位置等),并提供批量查询脚本。
覆盖遥感、GIS、空间分析与地球观测机器学习的综合地理空间技能,涉及卫星影像处理、栅格与DEM、云原生数据检索及多类空间工作流,提供多语言代码示例。
基于 idc-index Python 包查询与下载美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)公开癌症影像数据的技能,可按元数据筛选、下载 DICOM、在浏览器中查看影像并核查许可,无需认证。
LaminDB 是一个面向生物学的开源 FAIR 数据框架,通过单一 Python API 提供数据湖仓、血缘追踪、特征存储、生物本体、LIMS 与 ELN 能力,使数据集可查询、可版本化、可复现。
Molfeat 分子特征化技能:将 SMILES 或 RDKit 分子转为机器学习可用的数值表示,统一 100+ 预训练嵌入与手工特征器,支持 ECFP/MACCS/MAP4 指纹、RDKit 与 Mordred 描述符、药效团与形状特征,适用于 QSAR、虚拟筛选与相似性搜索。
基于 NetworkX 的 Python 图与网络分析技能,用于创建、分析和可视化复杂网络,涵盖图结构操作、中心性、最短路径、社区发现、图生成器、多种格式读写与绘图。
基于 PyMC 6 与 ArviZ 1.x 的贝叶斯建模与概率编程技能,涵盖层次模型、MCMC(NUTS,可选 nutpie、NumPyro、BlackJAX)、变分推断、先验/后验预测检验与 PSIS-LOO 模型比较。
基于 Scanpy 与 AnnData 的单细胞 RNA-seq 分析技能,覆盖质控、标准化、降维(PCA、UMAP、t-SNE)、聚类、标记基因识别、细胞类型注释与轨迹分析,可生成发表级图表。
基于 scVelo 的单细胞 RNA 测序 RNA 速率分析技能:通过剪接/未剪接 mRNA 动力学推断细胞状态转变与发育轨迹,支持随机与动力学模型、潜在时间、驱动基因与 PAGA 分析。需预先准备含 spliced/unspliced 层的 AnnData 数据。
UMAP 非线性降维技能,用于高维数据/嵌入的快速流形学习,可做 2D/3D 可视化、HDBSCAN 等密度聚类预处理,并支持监督、半监督、参数化与对齐 UMAP。安装:uv pip install "umap-learn>=0.5,<0.6"。
通过 REST API 直接访问 UniProt(Swiss-Prot/TrEMBL),支持蛋白质序列搜索、FASTA 序列获取、GO 术语与结构域等功能注释,以及跨数据库 ID 映射和批量/流式数据获取。
一个无API密钥的美国财政部财政数据技能,用于查询50多个数据集、约180张数据表,涵盖国债、国库日报/月报、国债拍卖、利率与汇率等联邦财务数据,并提供筛选、排序、分页与聚合。
用于访问美国专利商标局(USPTO)开放数据门户(ODP)API 的技能,可检索专利申请与授权书目信息、审查历史、延续案、转让、审查意见、PTAB 程序及商标状态(TSDR),适用于知识产权分析与现有技术检索。
访问 UCSF 维护的 ZINC 数据库(ZINC22 含 2.3 亿以上可购买化合物),支持按 ZINC ID、SMILES、供应商代码检索,进行相似性搜索、随机采样并下载用于对接的 3D 结构,服务于虚拟筛选与药物发现。
GPT-Vis 是面向 LLM 时代的 AI 原生可视化库,框架无关,支持 26 种图表类型,可通过自然语法让大模型生成高质量图表。提供 Syntax/JSON 与 Code 两种输出模式,统一由 GPTVis 类渲染。
介绍如何在 @aptos-labs/ts-sdk 中只读查询链上数据,涵盖 view 函数、余额、账户信息、资源和模块的读取方式,并给出类型处理与常见错误说明。