用途：面向基因组学与生物信息学流程，通过欧洲核苷酸档案库（ENA）的 REST API 与 FTP 检索和下载核苷酸序列、原始测序读长（FASTQ）、基因组组装及功能注释数据。
主要能力：ENA 按层级组织数据，包括 Studies/Projects（研究/项目）、Samples（样本）、Raw Reads（原始读长，含 Experiments 与 Runs）、Assemblies（组装）、Sequences（EMBL 序列库中的序列）、Analyses（分析结果）和 Taxonomy Records（分类记录）。提供多套 REST API：ENA Portal API（https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/doc）用于高级搜索；ENA Browser API（https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/doc）按登录号取记录，返回 XML、FASTA 或 EMBL；Taxonomy REST API 查询谱系与分类；Cross Reference Service（https://www.ebi.ac.uk/ena/xref/rest/）获取外部关联记录；CRAM Reference Registry（https://www.ebi.ac.uk/ena/cram/）按 MD5/SHA1 取参考序列。支持元数据格式 XML/JSON/TSV/CSV，序列格式 FASTQ/BAM/CRAM/FASTA/EMBL。
使用方式：用 Portal API 搜索，如 portal/api/search?result=sample&query=study_accession=PRJEB1234&format=json；取 FASTQ 下载链接用 portal/api/filereport?accession=ERR123456&result=read_run&fields=run_accession,fastq_ftp,fastq_md5&format=tsv，再逐个下载。按分类查组装：portal/api/search?result=assembly&query=tax_tree(562)&fields=accession,scientific_name&format=json（tax_tree()/tax_eq() 需数字 NCBI taxon ID，不能用物种名）。查谱系：taxonomy/rest/tax-id/562。脚本：python scripts/query_ena.py search --result read_run --query 'study_accession="PRJEB1787"' --fields run_accession,fastq_ftp --limit 5；python scripts/query_ena.py filereport ERR164407。大批量用 FTP、Aspera 或 enaBrowserTools。
适用场景：按登录号取序列或原始读长、按元数据搜索样本/研究/组装、下载 FASTQ 或组装、查分类信息、访问注释、集成到生信流程、跨库交叉引用、批量下载。
限制：程序化访问限 50 请求/秒，超限返回 HTTP 429；处理表达系列用 alterlab-geo，基因注释用 alterlab-gene-db，基因组注释/坐标用 alterlab-ensembl，本地 BLAST 用 alterlab-blast。建议遵守限速并返回指数退避、用 XML 库解析、大文件（>100MB）用 FTP/Aspera、元数据优先用 TSV/JSON、缓存分类查询。价格、平台等未在资料中提供。