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alterlab-zinc-db

数据与分析

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更新于 10-15 19:56

技能介绍

用途:该技能用于访问 ZINC 数据库(UCSF 维护,ZINC22 含 2.3 亿以上可购买化合物),面向虚拟筛选、先导化合物发现、类似物搜索、化合物检索、化学空间探索与分子对接等研究场景。若需化合物性质/同义词/生物测定、靶点活性数据、蛋白对接、本地描述符计算或成药性过滤,应改用其他对应技能。

主要能力:按 ZINC ID 查询(表单字段为复数 zinc_ids);按 SMILES 做精确或相似性搜索(dist 为 Tanimoto 距离,adist 为匿名拓扑距离);按供应商代码查询;随机采样(count、subset 如 lead-like、drug-like、fragment);通过 output_fields 定制返回字段(zinc_id、smiles、sub_id、supplier_code、catalogs、tranche)。3D 结构可从 https://files.docking.org/zinc22/ 按 tranche 下载,格式含 MOL2、SDF、DB2.GZ。

使用方式:所有 CartBlanche22 搜索均为异步,提交后返回 JSON 任务句柄 {"task": "<uuid>"},再轮询 GET https://cartblanche22.docking.org/search/result/<task>,状态为 PENDING 或 SUCCESS。可用脚本 scripts/query_zinc.py,例如 python scripts/query_zinc.py id ZINC000019632618 --wait、python scripts/query_zinc.py random --count 100 --subset lead-like、python scripts/query_zinc.py result <task-id>。也可用 curl 表单上传,如 curl -X GET "https://cartblanche22.docking.org/substances.txt" -F zinc_ids="ZINC000019632618" -F output_fields="zinc_id,smiles,catalogs"。旧的冒号 URL 形式已不适用于当前服务。

限制:已知问题(2026-09-23 验证)为 smiles.txt 任务会立即以 "zinc22_missing": [""] 结束,服务器收不到查询;在修复前相似性搜索应在 CartBlanche22 网页界面或 SmallWorld(https://sw.docking.org)、Arthor(https://arthor.docking.org)中进行,不应报告“未找到类似物”。ID 查询数秒完成,随机采样可能 PENDING 数分钟。ZINC 声明不保证分子质量,化合物可购买性与结构表示可能变化或存在错误,供应商信息需自行核实;商业使用需确认许可条款。