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DNAnexus 云基因组学平台集成技能,用于构建与部署 apps/applets、管理数据、运行工作流,并通过 dxpy Python SDK 开发与执行基因组学流水线,支持 FASTQ、BAM、VCF 等生物信息学文件处理。
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更新于 11-05 00:16
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DNAnexus 云基因组学平台集成技能,用于构建与部署 apps/applets、管理数据、运行工作流,并通过 dxpy Python SDK 开发与执行基因组学流水线,支持 FASTQ、BAM、VCF 等生物信息学文件处理。
FluidSim 是面向高性能计算流体力学(CFD)模拟的 Python 面向对象框架,基于 FFT 伪谱法求解周期域方程,提供 2D/3D 纳维-斯托克斯、浅水、分层流等求解器,支持 MPI 并行与输出分析。
gtars 是基于 Rust 的高性能基因组区间分析工具包,提供 Python 绑定与命令行工具,用于 BED 文件、重叠检测、覆盖轨生成、基因组 tokenization 及参考序列管理。
用于集成 LabArchives 电子实验记录本 REST API 的技能,支持访问笔记本、管理条目与附件、备份笔记本,并与 Protocols.io、Jupyter、REDCap 等第三方工具集成,实现研究文档与数据管理自动化。
Modal 是一个无服务器云计算平台,用于在云端运行 Python 代码,重点面向 AI/ML 工作负载,支持按需 GPU、自动扩缩容、自定义容器镜像、持久化存储、Web 端点和定时任务,全部以 Python 代码定义。
面向 Opentrons OT-2 与 Flex 实验室机器人的 Protocol API v2 技能,用 Python 编写液体处理协议,控制温控、磁力、加热振荡、热循环等硬件模块,管理耗材与台面布局,并支持模拟测试。
PyDESeq2 是 DESeq2 的 Python 实现,用于 bulk RNA-seq 计数数据的差异表达分析,支持单因素与多因素设计、Wald 检验、FDR 校正、可选 apeGLM 收缩,并与 pandas、AnnData 集成。
pydicom 是用于处理 DICOM(医学数字成像与通信)文件的纯 Python 库,可读写和修改医学影像数据,包括像素数据、元数据及多种压缩格式。本技能提供读取、写入、匿名化、格式转换与序列处理等使用指导。
Pyzotero 是 Zotero API v3 的 Python 封装库,可用代码读取、创建、更新和删除 Zotero 文献库中的条目、收藏集、标签,上传附件并导出引用,支持用户库与群组库,也可在本地模式下只读访问。
Rowan 是一个云原生分子建模与药物化学工作流平台,提供 Python API,用于 pKa 与 macropKa 预测、构象与互变异构体搜索、对接、MSA 生成及蛋白-配体共折叠等任务,按积分计费。
scikit-survival 是构建在 scikit-learn 之上的 Python 生存分析库,用于处理删失数据的时间到事件建模,提供 Cox 模型、集成方法、生存 SVM、竞争风险分析及一致性指数等评估指标。
Stable Baselines3(SB3)是基于 PyTorch 的强化学习算法库,提供 PPO、SAC、DQN、TD3、DDPG、A2C 等可靠实现,API 风格类似 scikit-learn,适合标准强化学习实验与快速训练。
statsmodels 是 Python 的统计建模与计量经济学库,用于估计、推断与诊断。支持 OLS、GLM、离散选择、ARIMA 等模型,提供残差诊断、稳健标准误与预测区间,适合需要详细统计结果的研究分析。
SymPy 是 Python 的符号数学库,用数学符号进行精确计算而非数值近似。该技能提供符号代数、微积分、线性代数、方程求解、物理计算与代码生成的使用指导,适合需要精确数学结果、公式推导或把表达式转为可执行代码的场景。
Zarr Python 是用于存储大规模 N 维数组的 Python 库,支持分块、压缩、并行 I/O 与 S3/GCS 等云存储,兼容 NumPy、Dask 和 Xarray,适用于大规模科学计算。
ci-loop 是一个让单个 PR 的失败 CI 变绿的自动化修复循环技能:读取失败日志、本地复现、在工单范围内修复代码,然后提交并推送,最多尝试 3 次,且只在一个审批下运行。
这是一套用于编写“可被搜索发现”的代码的规则集,目标是让编码智能体和人类都能通过纯文本搜索找到并理解代码。其核心依据是:智能体依靠字符串搜索和命中位置周围的小窗口来阅读代码,而不是依赖 AST 或语言服务,因此每个标识符都相当于一次搜索查询,每次搜索失败都会浪费多余的读取。规则覆盖命名(导出符号用 2–4 个词、通用动词带上对象、一个概念一种拼写、改行为同步改名、避免 config.ts/types.ts/utils.ts 这类裸角色文件名)、类型(为原始 ID 加品牌类型、用能力令牌参数类型、用可辨识联合建模状态、类型名要能被引用回读)、以及“在搜索落地处说明”(每个导出配一行文档注释、文档里写自然语言短语、保持字符串完整不拼接、错误消息以唯一字面量前缀开头、一个文件一个可搜索概念、测试就近放置、标记废弃路径)等方面,并在提交前给出检查清单。
用于在 Turborepo 与 Bun/pnpm 工作区中统一 monorepo 工程风格:apps/packages 布局、catalog 版本固定、turbo.jsonc 缓存与 transit 规则、包作用域与导出约定等,可直接单独使用。
RLM Workflow 是一套在代码仓库中端到端执行 RLM 流程的技能,通过分阶段门禁、锁定产物、补遗与可追溯性来管理需求实现,并可自动引导初始化或更新 AGENTS/PLANS 等脚手架文件。
fix-hard 是 easyplatform 中 /fix 技能的一个变体,用于借助子代理(subagents)并行调查并修复复杂、困难的问题。它强调先读代码、以 file:line 证据定位根因、在拥有不变量的最低层修复,并在改动前获得用户批准。
fix-issue 是 easyplatform 仓库中的实现类技能,用于系统化调查并修复 GitHub issue 报告的缺陷,强调以 file:line 证据追溯根因、修复前需用户确认、修复后需验证,并保持与 issue 的可追溯关联。
plan-two 是 easyplatform 技能库中的规划类技能,用于在动手实现前先做调研,并产出两套可对比的实现方案。它强调只做规划、不写代码,要求先读代码、搜索相似模式并给出证据,再让用户比较取舍并选择方案。
面向 Web 无障碍的专家技能,覆盖 WCAG 2.1/2.2 合规、WAI-ARIA 实现、屏幕阅读器优化、键盘导航与无障碍自动化测试,可用于代码审查与问题排查。
面向 RP2350(Raspberry Pi Pico 2 W)与 ESP32-S3(Heltec)嵌入式 Rust 固件的代码评审技能,覆盖 Embassy 异步运行时、静态内存分配、PIO/RMT 灯带驱动、USB CDC、OLED 与 CAN/SLCAN 协议等模式。