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更新于 11-05 00:16

智能体与模型

25,660 个结果

setup-genie3-remote-tool

该技能用于在 ToolUniverse 中部署、启动、验证和排查 Genie 3 远程工具,并可选通过 ToolUniverse Connect 中继。Genie 3 是常驻 GPU 的蛋白质设计生成工具,提供 genie3_design 操作,支持长度、设计数量与随机种子参数。部署采用双环境标准(MCP 服务器与模型各自独立),通过 tu remote setup 完成预检、环境、工具包、权重和冒烟测试五步,并可用 tu remote share 共享。需 CUDA GPU 与 Linux、Python 3.12.3,权重与凭据不得入 Git,默认仅绑定回环地址。资料表明并发、跨用户隔离、恢复与设计质量尚未测试,建议私有部署。

智能体与模型5 次安装

setup-gpnstar-remote-tool

本技能用于在 ToolUniverse 仓库根目录下完成 GPN-Star 远程工具的安装、启动、验证与故障排查。GPN-Star 是一个基于多物种比对的语言模型,对单核苷酸变异给出效应分数(logit(alt) - logit(ref),在掩码位置对正反互补窗口取平均)。该提供方需要 CUDA GPU,采用常驻模型的双环境结构:MCP 服务器运行在 ToolUniverse 环境中,模型运行在独立锁定的 Python 3.13 + torch 2.13.0 环境中。使用流程包括运行预检脚本、创建两个虚拟环境、通过 tu remote setup 依次执行 preflight、environment、kit、weights、smoke 五个步骤,配置比对存储后启动服务,并通过 run_gpnstar_vep 工具发起请求。适用于需要在本地 GPU 上为变异效应预测搭建私有远程工具的场景。

智能体与模型5 次安装

setup-mosaic-remote-tool

这是 ToolUniverse 中用于搭建与运维 mosaic(基于 Boltz-2 的 binder 设计,binder 指结合蛋白)远程工具的技能包,覆盖安装、启动、验证和故障排查。mosaic 执行的是 binder 设计,并非对给定序列做折叠;一次请求对应一个设计:输入目标序列和 binder 长度,输出 binder 序列,以及预测复合物的 ipTM、pLDDT、PAE 指标。资料给出了 Python 3.12.3、CUDA GPU、JAX 模型与独立 CPU torch 等前置条件,两个互不导入的虚拟环境,以及 tu remote setup 的 preflight、environment、kit、weights、smoke 分步流程。还包含通过 tu remote login/share 以设备码授权的分享方式、本地 8055 端口的 Streamable HTTP 端点自检、mosaic_design_binder 示例调用,以及 384 tokens 上限、单 worker 串行、显存预算、缓存和日志位置等限制与排查要点。公开发布、跨用户隔离、并发、恢复和科学质量均未经测试,应保持私有部署。

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setup-opendde-remote-tool

本技能用于在 ToolUniverse 中部署、启动、验证和排查 OpenDDE 远程工具,并可通过 ToolUniverse Connect 转发服务。OpenDDE 是 AlphaFold3 类的全原子共折叠模型(Apache 2.0,PyPI opendde 1.1.1,模型 opendde_v1,约 6.558 亿参数),可将蛋白质、DNA、RNA 链、配体和离子组成的复合物折叠为扩散采样的 mmCIF 结构,并为每个样本给出 pLDDT、pTM、ipTM、PAE 和排名分数。该实现采用常驻 worker 和双环境设计:MCP 服务器运行在 ToolUniverse 环境中,模型运行在独立环境中,两者由固定锁文件构建,彼此不能互相导入。每次请求只按单序列折叠,不进行 MSA 搜索,也不使用模板;配体仅支持 SMILES 或 CCD_<id>;优化套件固定关闭。文档注明该提供方尚未经过验证,公开可用性、跨用户隔离、并发、恢复和结构准确性均未测试,应仅限私有部署。

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setup-openfold3-remote-tool

本技能用于搭建、启动、验证并排查 OpenFold3 ToolUniverse 远程工具,并可选择通过 ToolUniverse Connect 进行中继。该部署要求 Linux 环境、Python 3.12.3 和 CUDA GPU,模型在请求间常驻显存。技能提供预检、环境创建、权重校验、冒烟测试、本地验证与共享命令等步骤。当前验证状态显示该部署仅限私有使用,尚未测试公开分享、跨用户隔离、并发与生物学准确性。

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setup-progen2-remote-tool

本技能用于在本地部署、启动、验证和排查 ProGen2 蛋白质语言模型的 ToolUniverse 远程工具,并可选通过 ToolUniverse Connect 中继共享。它要求 Linux、Python 3.12.3 和 CUDA GPU,采用双环境设计(MCP 服务器环境与模型环境分离),通过 tu remote setup 自动完成预检、环境构建、工具包安装、权重下载和冒烟测试。提供 run_progen2_score(序列打分,返回对数似然)和 run_progen2_generate(序列生成,受 num_samples×max_length 乘积上限 4096 约束)。适合需要私有化部署蛋白质序列打分或生成能力的研究或工程场景。注意:公开出版、跨用户隔离、并发、恢复和序列质量尚未测试,应保持私有部署。

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setup-proteinmpnn-remote-tool

该技能用于在 ToolUniverse 中以远程工具方式部署、启动、验证和排查 ProteinMPNN / SolubleMPNN 固定骨架序列设计服务,也可将服务私密转发共享。它不追求速度,而是强调与原生 ProteinMPNN 输出逐字节等价:在 CPU 上运行,无需 GPU;模型环境要求 Python 3.11,主环境为 Python 3.12.3。资料提供了环境变量、五步安装命令、工具参数边界、等价性验证流程与常见故障处理,并说明公开发布、跨用户隔离、并发与恢复尚未测试,建议保持私有部署。

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setup-protenix_v1-remote-tool

本技能用于设置、启动、验证和排查 Protenix ToolUniverse 远程工具,并可通过 ToolUniverse Connect 进行中继。Protenix 是字节跳动对 AlphaFold3 的复现版本 1.1.0,需在 Linux、Python 3.12.3 与 CUDA GPU 环境下运行。技能包含标准库契约检查、双环境搭建、权重下载与哈希校验、本地启动与 MCP 工具发现验证、GPU 与并发调优、故障排查及清理等步骤。默认绑定回环地址,支持浏览器设备授权共享。注意:该部署为私有、单卡本地验证,公开分发、跨用户隔离、并发、恢复与结构准确性尚未测试;在特定显卡(如 NVIDIA GB10 aarch64)上 fast-LayerNorm 扩展无法运行且会静默失败,需将 LAYERNORM_TYPE 设为 "torch"。

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setup-rfdiffusion3-remote-tool

该技能用于在 ToolUniverse 中搭建、启动、验证和排查 RFdiffusion3 远程工具,并可选择通过 ToolUniverse Connect 进行中继。RFdiffusion3 是蛋白质设计模型,此部署需要 Linux、Python 3.12.3 和 CUDA GPU,模型在请求之间常驻。搭建过程包括创建两个独立环境(MCP 服务器环境与模型环境),从固定的 lock 文件安装依赖,下载并校验权重,运行冒烟测试并记录实测峰值显存。提供本地 MCP 端点(http://127.0.0.1:8040/mcp)供调用 rfdiffusion3_design 操作。可通过设备码登录后使用 tu remote share 一键分享。验证状态(2026-09-29)显示在 NVIDIA GB10 上运行 60-mer 设计,首次请求 19.4 秒,后续 1.6 秒;400 残基 4 设计时峰值预留显存 12.49 GiB。公开出版、跨用户隔离、并发、恢复和设计质量均未测试,建议保持私有部署。

智能体与模型5 次安装

setup-rosettafold3-remote-tool

该技能用于搭建、启动、验证并排查 ToolUniverse 的 RoseTTAFold3 远程工具,并可选通过 ToolUniverse Connect 中继共享。它采用远程工具标准的双环境结构:MCP 服务器运行在 ToolUniverse 环境中,模型运行在独立且版本锁定的环境中;提供 setup 的五步流程(preflight、environment、kit、weights、smoke)、基于环回地址的本地 MCP 端点、浏览器设备码授权后的一键私有共享,以及 GPU 与并发调优和排障指引。资料记录其已在 NVIDIA GB10 上以优化套件快速模式连续四次相同请求验证通过,但公开上线、跨用户隔离、并发、恢复与生物学准确性均未测试,仅建议私有部署。

智能体与模型5 次安装

tooluniverse-enzyme-design

该技能用于从头设计酶:围绕催化基序搭建支架,并用反应机理衍生的过滤器筛选设计。以 AlphaProtein Novo(AP Novo)为核心,先构建过渡态或共价中间体的三维基序(催化侧链原子加配体),再生成蛋白骨架与序列,折叠所有机理状态,并依据催化几何、多状态一致性和骨架集成评分(MR/MPD)进行分层过滤。工具链包含生成、重测序、折叠、评估四个阶段,支持局部扩散优化已知活性设计。需注意 AP Novo 权重仅限非商业使用,且远程提供者不含折叠操作,需自行安排结构预测。

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