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Skill 广场setup-rosettafold3-remote-tool

setup-rosettafold3-remote-tool

智能体与模型

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更新于 10-20 04:55

技能介绍

用途

本技能用于把 RoseTTAFold3 部署为 ToolUniverse 的远程工具，覆盖安装、启动、验证与排查，并可选择通过 ToolUniverse Connect 中继对外共享。部署前提是 Linux、Python 3.12.3、在 ToolUniverse 仓库根目录操作，且需要 CUDA GPU；该提供方在请求之间常驻模型，不以 CPU 为目标。

验证状态

资料给出的验证时间为 2026-09-29：RoseTTAFold3 在优化套件的快速模式下运行于 NVIDIA GB10（aarch64，cc 12.1），在一个保持运行的 worker 中对四次连续完全相同的请求做了验证。构建耗时 41.3 秒，随后四次折叠分别为 20.7 / 16.2 / 16.1 / 16.2 秒，峰值预留内存从 3.56 升至 3.70 GiB，800 个残基时测得 13.25 GiB。该部署运行的是打过补丁的解释器：套件会覆盖已安装 rf3 包的五个文件并用 sha256 校验，因此 [kit] mode = "off" 在此不可用，如需与原版对比须另建纯净环境。公开上线、跨用户隔离、并发、恢复与生物学准确性均未测试，应保持私有部署。

主要能力

  • 提供 tu remote setup rosettafold3 五步安装流程：preflight、environment、kit、weights、smoke，可用 --only 单步执行。其中 smoke 步骤会常驻模型、发送一次请求、断言输出符合 manifest 声明的成功产物，并把测得的峰值显存记录到 ~/.cache/tooluniverse/measured/rosettafold3.json。
  • 提供标准库契约检查 python scripts/remote_validation/setup_skill_preflight.py --implementation rosettafold3，可加 --check-provider-env、--live、--check-connect-prereqs。
  • 双环境：MCP 服务器运行在 ToolUniverse 环境，模型运行在 TOOLUNIVERSE_ROSETTAFOLD3_PYTHON 指定的独立环境，两者不可互相导入。
  • 权重按 manifest 声明的文件大小与 sha256 校验，缺失或不符时拒绝启动，请求时不下载。
  • 本地 MCP 服务端点为 http://127.0.0.1:8034/mcp，提供 rosettafold3_predict 工具。
  • 支持 tu remote login（浏览器设备码授权，headless 可用 --no-browser）、tu remote share rosettafold3 一键私有共享、tu remote check、tu remote run 与 tu remote logout（含 --revoke）。

使用方式

  1. 先运行 preflight 契约检查。
  2. 创建模型侧空解释器，例如 python3 -m venv ~/rosettafold3-venv，再导出 ROSETTAFOLD3_WEIGHTS 与 TOOLUNIVERSE_ROSETTAFOLD3_PYTHON，运行 tu remote setup rosettafold3，由 tu remote setup 读取 provider.toml 并完成五步。
  3. 本地启动：
python -m tooluniverse.remote.rosettafold3.rosettafold3_tool

随后用 fastmcp Client 列出工具，确认发现结果包含 rosettafold3_predict。

  1. 共享前安装中继 SDK：
python -m pip install fastmcp pyyaml "tuplatform-connect @ https://connect.aiscientist.tools/downloads/tuplatform_connect-0.3.0-py3-none-any.whl#sha256=3fad5eee5ecf7887a693d93ccd1aa112dc0955617a885d1fc3daded0030f9ae0"
tu doctor --forward http://127.0.0.1:8034/mcp --json
tu serve --share --forward http://127.0.0.1:8034/mcp --name validation-rosettafold3 --workers 1

交互终端下缺少密钥时会自动走浏览器授权；CI 场景应通过受保护环境提供 TOOLUNIVERSE_SERVICE_KEY 或使用 tu remote login --manual-key。

  1. 示例调用参数为 {"spec": "[{\"name\": \"barstar\", ...}]", "seed": 0}，经本地 MCP 端点调用 rosettafold3_predict。成功输出应满足 n_structures 大于零，且每个结构带有 ptm、iptm、ranking_score、has_clash、top_ranked；mmCIF 文本仅在 return_structures 为 true 时返回。

适用场景与限制

适用于在带 CUDA GPU 的 Linux 机器上私有部署 RoseTTAFold3 远程工具，并进行本地验证、单机共享与性能摸底。限制包括：需使用一个 worker，常驻 worker 设计上一次只处理一个请求；非环回绑定必须配置 TOOLUNIVERSE_API_TOKEN；该实现在 2026-08-16 平台矩阵之后加入，从未通过 Platform 实际演练，证据均为单卡本地环回；不得使用第三方模型镜像，只应参考实现 README 链接的官方上游文档。