用途
该技能用于搭建、启动、验证和排查 RFdiffusion3 ToolUniverse 远程工具，并可选择通过 ToolUniverse Connect 中继。RFdiffusion3 是蛋白质设计模型，此部署将其作为常驻远程工具运行，在请求之间保持模型驻留，从而避免每次请求都重新构建模型。
主要能力
- 提供
rfdiffusion3_design操作，输入长度、设计数量、随机种子等参数，返回设计结果及上游自身的逐设计指标（链断裂、碰撞、二级结构分数、回转半径）。 - 当
return_structures为 true 时返回 mmCIF 文本（上游 gzip 压缩，入口点解压）。 - 通过
tu remote setup执行五个步骤：preflight、environment、kit、weights、smoke。 - smoke 步骤会保持模型、发送一次请求、断言产出符合 manifest 描述，并将实测峰值显存记录到
~/.cache/tooluniverse/measured/rfdiffusion3.json。 - 支持通过
tu remote share一键私有分享，使用浏览器设备码授权，无需复制粘贴密钥。 - 提供本地 Streamable HTTP 端点：
http://127.0.0.1:8040/mcp。
使用方式
前置条件：在 ToolUniverse 仓库根目录运行，Linux，Python 3.12.3，需要 CUDA GPU（CPU 不是目标），提供商数据、权重、缓存和凭据需放在 Git 之外，绑定回环地址（非回环绑定需 TOOLUNIVERSE_API_TOKEN）。
先运行标准库契约检查：
python scripts/remote_validation/setup_skill_preflight.py --implementation rfdiffusion3
创建两个环境（MCP 服务器环境和模型环境，二者不能互相导入）：
python3 -m venv .venvs/rfdiffusion3
. .venvs/rfdiffusion3/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install -e .
python -m pip install fastmcp
模型环境路径由 TOOLUNIVERSE_RFDIFFUSION3_PYTHON 指定，需先创建空解释器（如 python3 -m venv ~/rfdiffusion3-venv），然后 tu remote setup --only environment 会从 src/tooluniverse/remote/rfdiffusion3/environment/requirements.lock 以 --no-deps 填充。
设置环境变量并运行完整搭建：
export FOUNDRY_CHECKPOINT_DIRS=...
export TOOLUNIVERSE_RFDIFFUSION3_PYTHON=~/rfdiffusion3-venv/bin/python
tu remote setup rfdiffusion3
可用 --only preflight|environment|kit|weights|smoke 分步执行。
本地启动与验证：
python -m tooluniverse.remote.rfdiffusion3.rfdiffusion3_tool
然后在另一个 shell 中用 FastMCP Client 连接 http://127.0.0.1:8040/mcp 并列出工具，确认发现结果包含 rfdiffusion3_design。
调用示例操作：
{"length":"60","n_designs":1,"seed":0}
授权与分享：
tu remote login
tu remote share rfdiffusion3
无头机器加 --no-browser。可用 tu remote check rfdiffusion3 做非分享就绪检查，tu remote run rfdiffusion3 启动仅本地前台服务器。
连接 ToolUniverse Connect（中继 SDK 尚未发布到 PyPI，使用固定 SHA-256 的公共 wheel）：
python -m pip install fastmcp pyyaml "tuplatform-connect @ https://connect.aiscientist.tools/downloads/tuplatform_connect-0.3.0-py3-none-any.whl#sha256=3fad5eee5ecf7887a693d93ccd1aa112dc0955617a885d1fc3daded0030f9ae0"
tu doctor --forward http://127.0.0.1:8040/mcp --json
tu serve --share --forward http://127.0.0.1:8040/mcp --name validation-rfdiffusion3 --workers 1
适用场景
- 在具备 CUDA GPU 的 Linux 机器上私人部署 RFdiffusion3 蛋白质设计工具。
- 通过 ToolUniverse 远程工具标准提供 MCP 接口。
- 需要模型常驻以降低后续请求延迟的场景。
限制
- 验证状态（2026-09-29）：在 NVIDIA GB10（aarch64，cc 12.1）上，优化套件快速模式加文件覆盖运行；三个无条件 60-mer 在一个保持驻留的 worker 中分别耗时 19.4 秒、1.6 秒、1.6 秒；通过该入口点的实时调用返回两个设计，无链断裂、无碰撞；400 残基 4 设计时实测峰值预留 12.49 GiB，峰值由长度而非数量驱动。
- 公开出版、跨用户隔离、并发、恢复和设计质量均未测试，建议保持私有部署。
- 本实现是在 2026-08-16 平台矩阵之后添加的，未纳入该矩阵；未通过平台进行任何测试，上述证据仅为本地、单卡、回环端点。
- 在此套件模式下，四种计算按名称被拒绝：classifier-free guidance、低内存模式、对称采样器和 compile_model；上游的
--mode off是这四者的答案，但该模式需要本部署不构建的第二个纯净解释器。 - 请求时不获取任何内容；manifest 声明每个权重文件的大小和 sha256，启动时若文件偏离固定值则拒绝。
- 只使用一个 worker；驻留 worker 按设计一次服务一个请求，第二个在途请求在锁上排队。
- 仅使用实现 README 链接的官方上游文档，不要使用第三方模型镜像。