lamindb
LaminDB 是一个面向生物学的开源数据框架,旨在让数据可查询、可追溯、可复现并符合 FAIR 原则(可发现、可访问、可互操作、可复用)。它通过统一的 Python API,将湖仓架构、血缘追踪、特征存储、生物本体、LIMS(实验室信息管理系统)和 ELN(电子实验记录本)能力整合到一个平台中。其核心价值包括:可查询性(按元数据、特征和本体术语搜索过滤数据集)、可追溯性(从原始数据到分析结果自动追踪血缘)、可复现性(对数据、代码和环境进行版本控制)以及 FAIR 合规(使用生物本体进行标准化注释)。该技能适用于管理 scRNA-seq、bulk RNA-seq、空间转录组、流式细胞术、多模态数据、EHR 数据等生物数据集,追踪 Notebook、脚本及 Nextflow、Snakemake、Redun 等流水线执行,进行数据策展与验证,使用 Bionty 处理基因、蛋白质、细胞类型等生物本体,构建数据湖仓,确保可复现性,集成 ML 流水线,部署数据基础设施以及协作共享数据集。