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更新于 11-04 00:13

数据与分析

17,349 个结果

pytdc

PyTDC(Therapeutics Data Commons)是一个面向药物发现与开发的开源科学平台,提供 AI 就绪的数据集与基准测试,覆盖治疗药物研发全流程。它将数据按用途分为三类:单实例预测(分子/蛋白质性质,如 ADME、毒性、HTS、量子力学性质)、多实例预测(药物-靶点相互作用 DTI、药物-药物相互作用 DDI、蛋白-蛋白相互作用 PPI 等)以及生成任务(分子生成 MolGen、逆合成 RetroSyn、配对分子生成)。平台提供标准化的评估指标与有意义的数据划分(如 scaffold、cold、temporal 等),并包含基准组(如 ADMET 基准组)、数据划分、模型评估、数据处理工具以及 17 个以上的分子优化 oracle。可通过 pip 安装,使用 `uv pip install PyTDC`,核心依赖自动安装。适合在药物发现或治疗相关机器学习任务中使用,进行模型基准测试、分子性质预测、相互作用预测与目标导向的分子生成。

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vaex

Vaex 是一个面向超大规模表格数据的高性能 Python 库,采用惰性求值与核外(out-of-core)DataFrame 设计,可处理和分析超出可用内存的表格数据集。资料称其每秒可处理超过十亿行,支持对数十亿行数据进行交互式探索与分析。它适用于大于内存(从 GB 到 TB 级)的表格数据、对海量数据做快速统计聚合、为大数据创建可视化与热力图、在大数据上构建机器学习流水线、在 CSV、HDF5、Arrow、Parquet 等格式间转换,以及需要惰性求值和虚拟列以避免内存开销的场景,例如天文数据、金融时间序列等大规模科学数据。核心能力涵盖六个方面:DataFrame 与数据加载、数据处理与操作、性能与优化、数据可视化、机器学习集成、I/O 操作。典型用法是先通过 vaex.open 打开文件或从 pandas/NumPy 等创建 DataFrame,再用虚拟列、筛选与聚合进行计算,最后可视化或导出为 HDF5 等格式。

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zinc-database

ZINC Database 是由加州大学旧金山分校(UCSF)维护的免费可购买化合物数据库,目前 ZINC22 版本收录超过 2.3 亿个可购买化合物,并包含十亿级规模的按需合成化合物。该技能通过 CartBlanche22 网页界面与 API 提供查询能力:可按 ZINC ID 或 SMILES 检索化合物,进行相似性/类似物搜索,按供应商代码查询,随机采样化合物子集,并获取用于分子对接的 3D 结构。常见用途包括虚拟筛选、先导化合物发现、化学空间探索和对接库准备。所有 API 以文本或 JSON 返回数据,可通过 output_fields 自定义输出字段,如 zinc_id、smiles、supplier_code、catalogs、tranche 等。tranche 字段编码了氢键供体数、LogP、分子量和反应性相位,便于按类药性筛选化合物。3D 结构可从 files.docking.org/zinc22/ 文件仓库下载,支持 MOL2、SDF、DB2.GZ 等格式。

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