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更新于 10-31 00:15

数据与分析

17,194 个结果

metabolomics-workbench-database

该技能通过 REST API 访问美国 NIH 资助、托管于 UCSD 的 Metabolomics Workbench 代谢组学数据平台,可查询 4,200 多项研究(其中 3,790+ 项公开)、RefMet 标准化代谢物命名、GC-MS/LC-MS/NMR 数据、m/z 搜索及研究元数据。支持按 PubChem CID、InChI Key、KEGG ID、HMDB ID 等标识符检索化合物信息,下载 MOL/PNG 结构,访问研究摘要与实验数据(含 mwTab 格式),按离子加合物和质量容差进行质谱搜索,使用 MetStat 按分析方法、极性、色谱类型、物种、样本来源、疾病等条件筛选研究,并查询基因与蛋白质信息。输出支持 JSON 与 TXT 两种格式。适用于代谢组学数据检索、代谢物命名标准化、质谱化合物鉴定和疾病相关研究探索。

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reactome-database

Reactome Database 是一个免费、开源的精选通路(pathway)数据库技能,包含 2,825+ 条人类通路。它通过 Reactome 内容服务(ContentService)与分析服务(AnalysisService)的 REST API,以及 reactome2py Python 客户端,支持查询生物通路、进行过表征(overrepresentation)与表达数据分析、将基因或蛋白质映射到通路、探索分子相互作用、研究疾病相关通路,并可借助分析 token 在 Reactome Pathway Browser 中可视化结果,面向系统生物学研究场景。

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string-database

STRING Database 是一个蛋白质-蛋白质相互作用数据库,覆盖 5000 多个物种、5900 万个蛋白质和 200 亿条以上相互作用。该技能通过 REST API 提供查询能力,支持蛋白质相互作用网络检索、功能富集分析(GO、KEGG、Pfam 等)、相互作用伙伴发现、网络可视化、同源性分析以及跨物种比较。技能包含 Python 辅助函数(scripts/string_api.py)和详细参考文档(references/string_reference.md),适用于系统生物学、通路分析和蛋白质组学研究。

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zinc-database

ZINC Database 是由加州大学旧金山分校(UCSF)维护的免费可购买化合物数据库,目前 ZINC22 版本收录超过 2.3 亿个可购买化合物,并包含十亿级规模的按需合成化合物。该技能通过 CartBlanche22 网页界面与 API 提供查询能力:可按 ZINC ID 或 SMILES 检索化合物,进行相似性/类似物搜索,按供应商代码查询,随机采样化合物子集,并获取用于分子对接的 3D 结构。常见用途包括虚拟筛选、先导化合物发现、化学空间探索和对接库准备。所有 API 以文本或 JSON 返回数据,可通过 output_fields 自定义输出字段,如 zinc_id、smiles、supplier_code、catalogs、tranche 等。tranche 字段编码了氢键供体数、LogP、分子量和反应性相位,便于按类药性筛选化合物。3D 结构可从 files.docking.org/zinc22/ 文件仓库下载,支持 MOL2、SDF、DB2.GZ 等格式。

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mlflow-trace-metrics

mlflow-trace-metrics 是 mlflow/skills 提供的技能,用于查询 MLflow 的聚合 trace、span 与 assessment 指标,覆盖延迟、Token 数量、计数和质量趋势,服务于运维层面的汇总统计而非单条追踪排查。该技能通过附带脚本 scripts/fetch_metrics.py 向指标端点发起聚合查询,可指定指标视图(TRACES、SPANS、ASSESSMENTS)、聚合方式(COUNT、SUM、AVG、P95)、分组维度和明确时间窗口。它要求复用已有服务器、实验 ID 与时间窗口,并强调 Token 数不等于货币成本、空数据点不等于零使用量、按状态计数不等于错误率等口径问题;同时明确不支持 Databricks 托管跟踪,也不接受 databricks:// 配置或认证头。

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mlflow-trace-retrieval

该技能用于从 MLflow 中按追踪 ID 获取单条 trace,或在选定实验内按运行、会话、用户、状态、时间、标签、反馈、span 字段等条件搜索 trace,返回 JSON 结果或文件。它明确要求查询需配合时间窗口,尤其在 Databricks UC 场景中需要已配置的 SQL 仓库与工作区认证,并禁止用直接 SQL、原始 REST 或粘贴令牌替代缺失的仓库访问权限。仅做检索,不替代后续的 trace 分析。

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