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更新于 10-16 09:46

技能介绍

用途:当涉及生物信息学、基因组学、测序、变异检测、基因表达、单细胞分析、蛋白质结构、药物基因组学、宏基因组学、系统发育等计算生物学任务时,该技能作为网关,按需索引并获取两个开源技能库中的内容,而非打包数百个技能。

主要能力:bioSkills 提供 385 个参考技能(代码模式、参数指南、决策树),格式为每主题一个 SKILL.md,含 Python/R/CLI 示例;ClawBio 提供 33 个可运行流程技能(可执行脚本与可复现包),每个分析导出 report.md、commands.sh、environment.yml。领域覆盖序列基础、读段质控与比对、变异检测与注释、差异表达、单细胞、空间转录组、表观基因组、药物基因组与临床、群体遗传与 GWAS、宏基因组与微生物组、基因组组装与注释、结构生物学与化学信息学、蛋白质组、通路与基因网络、免疫信息学、CRISPR 与基因组工程、工作流管理、特化领域、可视化与报告、数据库访问、实验设计、组学机器学习等。

使用方式:先从索引确定领域与技能名,再浅克隆对应仓库:git clone --depth 1 https://github.com/GPTomics/bioSkills.git ~/.hermes/cache/scratch/bioSkills;git clone --depth 1 https://github.com/ClawBio/ClawBio.git ~/.hermes/cache/scratch/ClawBio。读取具体技能,如 cat ~/.hermes/cache/scratch/bioSkills/variant-calling/gatk-variant-calling/SKILL.md 或 cat ~/.hermes/cache/scratch/ClawBio/skills/pharmgx-reporter/README.md,作为专家域指南参考。

适用场景:需要权威参数、工具标志与验证流程的生信分析参考,或需要直接运行的 ClawBio 流程及其可复现打包。

限制:获取的技能不是 Hermes SKILL.md 格式,需按各自结构阅读;bioSkills 为参考指南,非可执行流程;ClawBio 可执行,多带 --demo 且可直接运行;两者都假定已安装生信工具,运行前需检查前置条件;ClawBio 需先执行 pip install -r requirements.txt;基因组数据文件可能很大,下载参考基因组、SRA 数据集或建立索引时需注意磁盘空间。环境依赖示例:pip install biopython pysam cyvcf2 pybedtools pyBigWig scikit-allel anndata scanpy mygene;Rscript -e 'BiocManager::install(c("DESeq2","edgeR","Seurat","clusterProfiler","methylKit"))';conda install -c bioconda samtools bcftools blast minimap2 bedtools fastp kraken2。