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更新于 10-25 00:14

数据与分析

16,945 个结果

alphafold-database

AlphaFold Database(AlphaFold DB)是由 DeepMind 与 EMBL-EBI 维护的公开蛋白质结构数据库,收录超过 2 亿个由 AI 预测的三维蛋白质结构。该技能用于按 UniProt ID 或蛋白名称检索结构预测、下载 PDB/mmCIF 坐标文件、分析置信度指标(pLDDT、PAE)、通过 Google Cloud 获取批量蛋白质组数据集,并将预测结果整合进计算工作流。适用于结构蛋白质组学、药物发现、蛋白质工程与进化研究等场景。数据以 CC-BY-4.0 许可免费开放,当前数据库版本为 v4。

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etetoolkit

ETE(Environment for Tree Exploration)是一个用于系统发育与层次树分析的工具包,提供 Python 库 ete3。它支持 Newick、NHX、PhyloXML、NeXML 等树格式的读写与遍历,可进行剪枝、定根、折叠节点、解析多分支等拓扑修改,并计算分支长度、拓扑距离及 Robinson-Foulds 距离。PhyloTree 类可结合序列比对检测基因复制与物种形成事件,识别直系同源与旁系同源基因,并拆分直系同源组。NCBITaxa 可下载并缓存 NCBI 分类数据库,实现 taxid 与学名互译、谱系获取及分类树构建。可视化方面支持 PNG、PDF、SVG 输出,矩形与环形布局,以及 NodeStyle、Faces 和布局函数自定义样式。ClusterTree 类用于层次聚类分析,可计算轮廓系数、Dunn 指数并绘制热图。该工具适用于系统发育基因组学、基因家族分析、聚类验证和树比较等研究场景。

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fluidsim

FluidSim 是一个面向对象的 Python 计算流体力学(CFD)框架,用于高性能流体动力学模拟。它基于伪谱方法与 FFT,为周期域方程提供求解器,性能接近 Fortran/C++,同时保留 Python 的易用性。主要能力包括:支持 2D/3D Navier-Stokes、浅水方程、分层流等多种求解器;通过 Pythran/Transonic 编译与 MPI 并行化提升性能;覆盖参数配置、模拟执行、输出分析的完整工作流;支持基于 Python 的后处理与可视化。安装使用 uv 并配合功能标志,例如基础安装 uv pip install fluidsim,FFT 支持 uv pip install "fluidsim[fft]",MPI 并行 uv pip install "fluidsim[fft,mpi]"。无需 API 密钥或身份验证。典型流程为导入求解器、创建并配置参数、实例化模拟、执行时间步进、分析结果。适用于 2D/3D 湍流、涡动力学、海洋与大气分层流、地球物理与旋转系统等场景。

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gtars

gtars 是一个用 Rust 编写的高性能基因组区间分析工具包,并提供 Python 绑定。它面向基因组区间数据处理,支持 BED 格式区间文件、区间重叠检测、覆盖度轨迹生成(WIG、BigWig)、面向机器学习的基因组 tokenization、单细胞片段分析以及参考序列管理等任务。用户可通过 Python 包(uv pip install gtars)、命令行工具(cargo install gtars-cli)或 Rust 库(在 Cargo.toml 中添加 gtars 依赖)三种方式使用。其核心模块包括基于 IGD 数据结构的重叠检测、uniwig 覆盖度轨迹生成、TreeTokenizer 基因组 tokenization、遵循 GA4GH refget 协议的参考序列管理、片段拆分与片段评分。gtars 也是 geniml Python 包的基础,常用于基因组机器学习工作流的数据预处理与 tokenization。

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hmdb-database

HMDB(人类代谢组数据库)是一个免费开放的小分子代谢物综合资源库,收录人体内水溶性和脂溶性代谢物信息。当前版本 v5.0 包含 220,945 条代谢物条目、8,610 条代谢相关酶与转运蛋白序列,每条代谢物提供 130 多个数据字段,涵盖化学性质(结构、分子式、分子量、InChI、SMILES)、临床数据(生物标志物关联、疾病、正常/异常浓度)、生物学信息(通路、反应、定位)、波谱数据(NMR、MS、MS-MS)以及 KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt、GenBank 等外部数据库链接。该技能适用于代谢组学研究、临床化学、生物标志物发现和代谢物鉴定等任务,支持通过网页界面进行文本、结构(ChemQuery)、波谱和高级组合检索,也提供 XML、SDF、FASTA、TXT、CSV/TSV 等格式的批量数据下载。HMDB 不提供公开 REST API,程序化访问需联系开发团队,或使用 R/Bioconductor 的 hmdbQuery 包及本地解析下载数据集。学术和非商业研究免费使用,商业用途需获得明确许可。

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huggingface-tokenizers

HuggingFace Tokenizers 是面向研究与生产环境的快速分词库,采用 Rust 核心实现并提供 Python/Node.js 绑定。官方资料显示其可在 20 秒内完成 1GB 文本的分词,比纯 Python 实现快 10–100 倍;支持 BPE、WordPiece、Unigram 三种分词算法,可用于加载预训练分词器、从零训练自定义分词器、批量编码与填充、对齐位置追踪,以及与 transformers 的 AutoTokenizer / PreTrainedTokenizerFast 集成。安装方式为 pip install tokenizers 或 pip install tokenizers transformers。

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