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更新于 10-25 00:14
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AnnData 是一个用于处理带注释数据矩阵的 Python 包，将实验测量数据（X）与观测元数据（obs）、变量元数据（var）以及多维注释（obsm、varm、obsp、varp、uns）一起存储。它最初面向单细胞基因组学，通过 Scanpy 使用，如今已作为通用框架，适用于任何需要高效存储、操作和分析的带注释数据。该技能适用于创建、读取或写入 AnnData 对象，处理 h5ad、zarr 等基因组学数据格式，进行单细胞 RNA 测序分析，使用稀疏矩阵或 backed 模式管理大型数据集，拼接多个数据集或实验批次，对带注释数据进行子集、过滤或转换，以及与 scanpy、scvi-tools 等 scverse 生态工具集成。核心能力涵盖数据结构、输入输出操作、拼接、数据操作和最佳实践。
BioServices 是一个 Python 包，提供对约 40 个生物信息学 Web 服务和数据库的编程访问，可检索生物数据、执行跨库查询、映射标识符、分析序列并整合多种生物资源，透明处理 REST 与 SOAP/WSDL 协议。
CZ CELLxGENE Census 技能：通过 Python API 查询标准化单细胞基因组数据（6100 万+ 人类与小鼠细胞），可按细胞类型、组织、疾病等元数据过滤，获取表达矩阵，并与 scanpy、PyTorch 集成，用于群体规模分析。
ChEMBL 数据库技能用于通过 Python 客户端程序化查询 ChEMBL 生物活性分子与药物发现数据。ChEMBL 是由欧洲生物信息研究所（EBI）维护的人工策展数据库，包含超过 200 万化合物、1900 万条生物活性测量、13000+ 药物靶点，以及已批准药物和临床候选药物数据。该技能适用于化合物搜索、靶点信息检索、生物活性数据（IC50、Ki、EC50）查询、药物信息查询、结构相似性/子结构搜索、化学信息学分析、靶点-配体关系探查以及药物发现中的抑制剂与激动剂识别等场景。使用前需安装 chembl_webresource_client 客户端，通过 new_client 访问 molecule、target、activity、drug 等端点进行查询。
ClinicalTrials.gov 数据库技能，通过 ClinicalTrials.gov API v2 查询全球临床试验注册信息。可按疾病/状况、药物/干预措施、地点、招募状态、试验阶段、申办方等条件检索试验，按 NCT ID 获取试验详情，支持分页批量获取与 CSV 导出。API 为公开接口，无需认证，速率限制约每分钟 50 次请求，支持 JSON 与 CSV 格式。适用于患者匹配、研究分析、药物研发追踪、地理检索、机构追踪、数据导出、试验监测与入组资格筛查等场景。
ClinVar Database 是一个用于查询 NCBI ClinVar 数据库的技能，帮助用户检索人类遗传变异与表型之间的关系及临床意义。它支持按基因、位置、疾病或临床意义搜索变异，解读致病性分类（如致病、良性、意义未明 VUS），并通过 E-utilities API 或 FTP 批量获取数据。该技能还涵盖审查状态与星级评定、冲突解读处理、变异注释以及数据提交等内容，适用于临床遗传学研究和变异解读工作。
DeepChem 是一个面向化学、材料科学与生物学的分子机器学习 Python 工具库。它提供分子数据加载与处理（支持 SMILES、SDF、FASTA 等格式）、分子特征化（指纹、描述符、图表示）、数据划分（如 ScaffoldSplitter 防止数据泄漏）、多种模型（传统机器学习、深度网络、GCN/GAT/MPNN/AttentiveFP 等图神经网络）以及 MoleculeNet 基准数据集（Tox21、BBBP、Delaney 等 30 余个）的快速调用。它支持迁移学习，可微调 ChemBERTa、GROVER、MolFormer 等预训练模型，用于分子性质预测（如 ADMET、毒性、溶解度、结合亲和力）、晶体/材料性质预测和蛋白质/DNA 序列分析。该技能适合药物发现、材料设计与生物分子分析等场景。
DrugBank Database 是一个用于访问和分析 DrugBank 综合药物数据库的技能，涵盖约 9,591 条药物条目（含 2,037 个 FDA 批准的小分子、241 个生物技术药物、96 个营养保健品及 6,000 多个实验化合物），每条目含 200 多个数据字段。该技能通过 Python 提供数据下载与认证、药物信息查询、药物相互作用分析、药物靶点与通路分析、化学性质与相似性计算等能力，适用于药物发现、多重用药安全分析、药物重定位研究及药理学研究等场景。
Geniml 是一个用于在基因组区间数据（BED 文件）上构建机器学习模型的 Python 包。它提供无监督方法，用于学习基因组区域、单细胞和元数据标签的嵌入表示，支持相似性搜索、聚类以及下游机器学习任务。主要能力包括：Region2Vec（基因组区域嵌入）、BEDspace（区域与元数据联合嵌入）、scEmbed（单细胞染色质可及性嵌入）、Consensus Peaks（参考峰集/宇宙构建）以及缓存、随机化、评估、分词等实用工具。可通过 uv 安装，提供 Python API 与命令行接口，可与 scanpy、BEDbase、Hugging Face 等集成。
MLflow 是一个框架无关的机器学习生命周期管理平台，用于跟踪 ML 实验、管理模型注册表与版本、将模型部署到生产环境，并复现实验。它支持记录参数、指标和产物，提供自动日志（autologging）功能，可对接 PyTorch、Scikit-learn、Keras/TensorFlow、HuggingFace Transformers、XGBoost 等主流框架。通过模型注册表可实现版本管理与阶段流转（None → Staging → Production → Archived），并支持本地服务与云端部署。安装方式为 pip install mlflow，可通过 mlflow ui 启动界面。
NetworkX 是用于创建、操作和分析复杂网络与图的 Python 库，适用于社交网络、生物网络、交通系统、引文网络、知识图谱等实体关系数据，支持图算法、中心性计算、社区发现、网络生成、格式读写与可视化。
Pinecone 是一款面向生产级 AI 应用的托管向量数据库（SaaS），具备自动扩缩容能力，可扩展至数十亿向量。它支持稠密与稀疏向量的混合检索、元数据过滤和命名空间隔离。官方称 p95 延迟低于 100ms，并提供 99.9% 可用性 SLA。适合需要托管、无服务器向量库的生产 RAG 应用，以及对低延迟和免运维有要求的场景。官方建议：若需自托管开源方案可选 Chroma 或 Weaviate，若仅做离线相似度检索可选 FAISS。提供免费额度：1 个无服务器索引、10 万条 1536 维向量，便于原型验证。可通过 pip 安装 pinecone-client，并提供与 LangChain、LlamaIndex 的集成。
UniProt Database 是一个通过 REST API 直接访问 UniProt 的技能，用于蛋白质序列与功能信息的检索与分析。它支持按名称、基因、登录号或物种搜索蛋白质，以 FASTA 等格式获取序列，在 UniProt 与 Ensembl、RefSeq、PDB 等外部数据库之间进行 ID 映射，并访问 Swiss-Prot/TrEMBL 注释。该技能提供 Python 客户端脚本，封装搜索、单条获取、批量检索、ID 映射和流式下载等常用操作，适合生物信息学中的蛋白质查询与数据获取工作流。
Vaex 是一个面向超大规模表格数据的高性能 Python 库，采用惰性求值与核外（out-of-core）DataFrame 设计，可处理和分析超出可用内存的表格数据集。资料称其每秒可处理超过十亿行，支持对数十亿行数据进行交互式探索与分析。它适用于大于内存（从 GB 到 TB 级）的表格数据、对海量数据做快速统计聚合、为大数据创建可视化与热力图、在大数据上构建机器学习流水线、在 CSV、HDF5、Arrow、Parquet 等格式间转换，以及需要惰性求值和虚拟列以避免内存开销的场景，例如天文数据、金融时间序列等大规模科学数据。核心能力涵盖六个方面：DataFrame 与数据加载、数据处理与操作、性能与优化、数据可视化、机器学习集成、I/O 操作。典型用法是先通过 vaex.open 打开文件或从 pandas/NumPy 等创建 DataFrame，再用虚拟列、筛选与聚合进行计算，最后可视化或导出为 HDF5 等格式。
为 Web 应用接入 PostHog 分析的技能：支持事件跟踪、页面浏览、功能开关和会话回放。可自动识别 Next.js、React、Vue、Svelte 或纯 HTML 框架，并按需给出安装与初始化步骤。
database-optimizer 是一个专注于数据库性能调优、查询优化与可扩展架构设计的技能。它覆盖现代数据库性能调优、查询优化和可扩展架构设计，擅长多数据库平台、高级索引策略、缓存架构与性能监控，主要用于消除瓶颈、优化复杂查询并设计高性能数据库系统。该技能适用于数据库优化相关任务与工作流，提供指导、最佳实践与检查清单；与数据库优化无关的任务或超出该领域范围的需求不适用。
本技能介绍如何为 PocketBase 等 CMS 添加基于 AI 的离线内容推荐。核心思路是使用 Gemini 为内容生成描述和文本嵌入向量，将向量存入 SQLite 的 sqlite-vec 扩展，再通过 k-近邻（kNN）搜索找出相关文章。由于推荐完全在本地数据库完成，无需网络请求，可随内容访问量扩展，且仅在内容变更时重新生成嵌入，从而控制成本。
Syncfusion WinUI Linear Gauge（SfLinearGauge）是用于 Windows 桌面应用数据可视化的线性仪表控件，可在水平或垂直线性刻度上显示数值。它支持轴自定义（最小值、最大值、间隔、标签、刻度、方向、镜像）、多段颜色范围、三种指针类型（条形指针、形状指针、内容指针）、多指针、指针动画与可拖动交互，并支持 MVVM 数据绑定。适用于仪表盘、进度指示、温度/压力/速度等测量值展示。
Syncfusion WinUI 金字塔图（SfPyramidChart）是用于可视化层级比例数据的专用控件，以金字塔结构展示各数据点占总量的比例，适合呈现层级关系与比例对比。该技能涵盖控件的安装配置、数据绑定（ItemsSource、XBindingPath、YBindingPath）、外观定制（调色板、渐变、模板）、图例、数据标签、工具提示、选择、分段爆炸等交互与高级功能，并提供 XAML 与 C# 的完整示例。
vectordb 是一个面向向量数据库操作的技能，用于嵌入生成与语义搜索。它适用于 Pinecone、Weaviate、Chroma、pgvector、RAG 和相似度搜索等场景。该技能提供嵌入生成、向量索引管理、相似度查询、RAG 实现等能力，并给出 Pinecone、Chroma、pgvector 的代码示例与最佳实践。
COBRApy 是一个用于基于约束的重建与分析（Constraints-Based Reconstruction and Analysis）的 Python 库，主要用于对微生物的大规模代谢网络进行建模。它把细胞的代谢过程转化为线性优化问题，可用于预测细菌在不同条件下的生长、设计转基因菌株、进行代谢工程与基因必需性分析。核心方法包括通量平衡分析（FBA）和基因—蛋白—反应（GPR）关系，并提供通量变异性分析、单基因删除等功能。
Photutils 是 Astropy 协调包，用于天文图像的源检测与光度测量。它提供背景估计、源检测、孔径测光、PSF 拟合测光、质心计算和等光度分析等工具，以模块化的 Python 接口替代 SExtractor、DAOPHOT 等传统工具。可用于检测恒星与星系、测量天体亮度、处理拥挤星场、估计与减去复杂二维天空背景，并结合 Astropy 的单位与 WCS 体系在像素或天球坐标下定义孔径。安装方式为 pip install photutils。
基于智谱 GLM-OCR 版面解析 API 的官方技能，把图片和 PDF 中的表格识别并转换为 Markdown。支持合并单元格、嵌套表格、多行表头等复杂表格，以及多页 PDF 批量提取；可处理本地文件和远程 URL。需配置 ZHIPU_API_KEY 后通过命令行脚本调用。
scrape-plan 是一个用于规划网页抓取并生成经验证提取规范的技能。它先探索详情页、发现字段并确认 schema，再通过更多页面验证该规范，最终输出可直接用于构建爬虫的持久化规范文件。