SuperAPI AI 工具集

bioservices

数据与分析

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更新于 10-16 03:14

技能介绍

用途:BioServices 是用于访问 40 多个生物信息学服务的 Python 工具,适合多数据库工作流,如 UniProt、KEGG、ChEMBL、PubChem、Reactome、QuickGO 等,提供统一 API。

主要能力:蛋白质分析(UniProt 的 search、retrieve、mapping);通路发现与分析(KEGG 的 lookfor_organism、lookfor_pathway、get_pathway_by_gene、parse_kgml_pathway、pathway2sif);化合物数据库检索与交叉引用(KEGG、UniChem);序列分析(NCBIblast 的 run、getStatus、getResult,BLAST 任务为异步);标识符映射(UniProt 支持 UniProtKB↔KEGG、Ensembl、PDB、RefSeq 等,化合物用 UniChem);基因本体查询(QuickGO 的 Term、Annotation);蛋白质互作(PSICQUIC 的 query、activeDBs,支持 MINT、IntAct、BioGRID、DIP 等 30 多个库)。

使用方式:安装命令为 uv pip install bioservices,依赖自动管理,已在 Python 3.9-3.12 测试。可参考 scripts/ 下的示例脚本,如 protein_analysis_workflow.py、pathway_analysis.py、compound_cross_reference.py、batch_id_converter.py。常用做法包括设置 verbose=False 抑制请求细节、调整 TIMEOUT、用 try-except 处理错误,并注意 NCBI BLAST 需要提供 email。

适用场景:跨库数据整合、蛋白质与通路分析、化合物标识符转换、批量 ID 映射、序列相似性搜索、互作网络提取等。

限制:资料未提供收费、价格、平台或效果信息;部分服务可能有速率限制,BLAST 为异步需轮询状态;具体服务方法与完整映射列表需查阅 references/services_reference.md、workflow_patterns.md、identifier_mapping.md。官方文档见 https://bioservices.readthedocs.io/,源码见 https://github.com/cokelaer/bioservices。