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cellxgene-census

数据与分析

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更新于 10-16 03:14

技能介绍

用途:该技能提供对 CZ CELLxGENE Discover 标准化单细胞基因组数据的程序化访问,可查询和分析跨数千数据集的数百万细胞,涵盖人类与小鼠的标准化元数据、原始基因表达矩阵、预计算嵌入与统计。

主要能力:按细胞类型、组织、疾病、供体等元数据过滤;获取表达数据;探索数据集与元数据;大规模跨数据集分析;与 scanpy、PyTorch 集成;计算跨百万细胞的统计量;访问预计算嵌入或模型预测。

使用方式:安装 API 使用 uv pip install cellxgene-census,机器学习工作流可安装 uv pip install cellxgene-census[experimental]。用上下文管理器打开:with cellxgene_census.open_soma() as census,可指定 census_version 保证可复现。小到中等规模查询(<10 万细胞)用 get_anndata(),配合 obs_value_filter 与 var_value_filter;元数据查询用 get_obs()、get_var();超出内存的大查询用 axis_query() 配合 tiledbsoma 迭代处理;PyTorch 训练用 cellxgene_census.experimental.ml 的 experiment_dataloader;scanpy 工作流可直接加载 AnnData 后按常规流程处理。

适用场景:按细胞类型/组织/疾病查询表达数据、探索可用数据集、训练单细胞机器学习模型、大规模跨数据集分析、跨组织比较、标记基因表达查询等。

限制与注意:除非分析重复细胞,查询应包含 is_primary_data == True;生产分析应显式指定 census_version;大查询前先估算细胞数,超过约 10 万建议用核外处理;基因名区分大小写,找不到时可改用 Ensembl ID;部分基因可能在构建时被过滤。具体版本、数据规模等以官方发布为准,资料未提供的内容暂未提供。