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FHIR MCP Server 是一个基于 Model Context Protocol (MCP) 的服务器，用于连接 FHIR（Fast Healthcare Interoperability Resources）医疗数据标准后端。它提供标准化接口，使 LLM 智能体（如 Claude Desktop）能够通过自然语言提示对 FHIR 资源执行完整的 CRUD 操作，并支持文档处理、语义搜索、LOINC 术语查询等功能。

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工具介绍

FHIR MCP Server 是一个实现完整 Model Context Protocol (MCP) 的服务器，旨在促进基于 LLM 的智能体与符合 FHIR 标准的后端之间的无缝交互。它提供标准化接口，通过一套全面的工具支持对 FHIR 资源的完整 CRUD 操作，可从 MCP 兼容客户端（如 Claude Desktop）访问，允许用户使用自然语言提示查询和操作临床数据。

主要能力：

  • 基于 FastMCP 框架构建，提供高性能 MCP 服务器能力。
  • 对主要 FHIR 资源提供完整 CRUD 操作。
  • 智能文档处理：支持 TXT、CSV、JSON 和 PDF 等多种格式的 AI 驱动文档摄取和分块。
  • 语义搜索：通过向量嵌入（经由 Pinecone）进行高级文档搜索。
  • RAG 就绪：具备上下文感知文档查询的检索增强生成管道。
  • 安全认证：OAuth2 令牌管理，用于 FHIR API 集成。
  • LOINC 集成：标准化医学术语查询和验证。
  • 容器就绪：支持 Docker，便于部署和扩展。
  • 可配置：提供基于 .env 的丰富配置选项。

架构： 服务器采用模块化架构，包括：

  • MCP 工具：针对选定 FHIR 资源类型的专用工具，其他资源由通用工具处理。
  • FHIR 服务器客户端：处理 FHIR API 通信和认证（OAuth2 及计划中的其他方式）。
  • RAG 服务：基于嵌入的文档处理和语义检索。
  • 向量存储：Pinecone 集成，用于基于相似度的搜索。
  • LOINC 客户端：与 LOINC API 集成，用于术语解析和验证。

使用方式：

  1. 环境准备：需要 Docker（推荐）或 uv 进行依赖管理；FHIR 服务器账户（如 Medplum）；Pinecone API 密钥（文档搜索必需）；LOINC 账户（可选）。
  2. 安装与设置：
    • 克隆仓库：git clone https://github.com/the-momentum/fhir-mcp-server && cd fhir-mcp-server
    • 设置环境变量：cp config/.env.example config/.env，并编辑 config/.env 填入凭据和配置。
    • 安装依赖：Docker 方式运行 make build；uv 方式运行 make uv。
    • 更新 MCP 客户端配置（如 Claude Desktop 的 claude_desktop_config.json）。
    • 重启 MCP 客户端以应用更改。

Docker 配置示例： { "mcpServers": { "docker-mcp-server": { "command": "docker", "args": [ "run", "-i", "--rm", "--init", "--name", "fhir-mcp-server", "--mount", "type=bind,source=<your-project-path>/app,target=/root_project/app", "--mount", "type=bind,source=<your-project-path>/config/.env,target=/root_project/config/.env", "-e", "TRANSPORT_MODE=stdio", "mcp-server:latest" ] } } }

uv 配置示例： { "mcpServers": { "uv-mcp-server": { "command": "uv", "args": ["run", "--frozen", "--directory", "<your-project-path>", "start"], "env": { "PATH": "<uv-bin-folder-path>" } } } }

安全与加密： 内置加密基础设施保护敏感配置值。敏感字段如 API 密钥和密码在运行时自动加密和解密。可使用自动化设置脚本，或手动生成主密钥并加密敏感值。自动加密的字段包括：FHIR_SERVER_CLIENT_SECRET、LOINC_PASSWORD、PINECONE_API_KEY。

工具集：

  • FHIR 资源工具：支持所有 FHIR 资源的创建、读取、更新、删除操作，并强制执行 FHIR 资源验证，防止数据损坏，提供全面的错误响应。
  • 文档管理工具：支持 TXT、PDF、CSV、JSON 格式的文档摄取，以及基于向量嵌入的语义搜索。
  • LOINC 术语工具：标准化医学术语查询和验证。

适用场景：

  • 通过自然语言查询患者病史、诊断、用药、就诊等信息。
  • 生成和部署测试数据以验证 FHIR 服务器功能。
  • 医疗数据文档的语义搜索和 RAG 应用。

限制：

  • 文档搜索功能需要 Pinecone API 密钥，否则语义检索不可用。
  • LOINC 账户为可选，但缺少时系统依赖静态或语言模型推断的代码，可能过时或不精确。
  • 项目未针对测试数据生成场景设计，演示中显示可能无法完美工作，但 LLM 可通过试错纠正错误选择。
  • 未来计划包括扩展认证选项、更多文件格式支持、表格感知文档分块、扫描文档 OCR 支持。

许可证：MIT License。

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