ChatSpatial 是面向空间转录组学分析的 MCP 服务器，提供自然语言界面来调用分析工具。其核心设计是用模式约束的编排（schema-enforced orchestration）替代 LLM 临时代码生成：LLM 不再生成任意脚本，而是从经过整理的工具注册表中选择工具和参数，从而让空间转录组学工作流在不同会话和客户端之间更具可复现性。
主要能力 ChatSpatial 暴露 20 个经模式验证的 MCP 工具，编排覆盖 13 个分析类别的 65 种空间转录组学方法。工具是稳定的自然语言接口，方法是通过工具参数选择的分析后端。当前覆盖的方法支持 10x Visium、Xenium、Slide-seq v2、MERFISH、seqFISH 等数据类型。
协议与部署 服务器通过官方 Python SDK v2 实现 MCP 2026-07-28，并继续通过 SDK 管理的协议协商为 2025-11-25 客户端提供服务。STDIO 仍是安全的本地默认方式；Streamable HTTP 可用于显式配置的 HTTP 部署。
安装与使用方式 安装 uv 一次，然后无需创建或管理 Python 环境即可注册 ChatSpatial。uvx 会在首次启动时创建隔离环境，并在后续启动时复用其缓存；添加服务器后需重启 MCP 客户端。上述命令安装标准运行时。若要在同一隔离 MCP 环境中提供全部 15 个可组合 Python 方法族，可使用 full 模式。full 包含 CellRank、FastCCC、维护中的空间域与配准后端、注释、富集及其他可移植 Python 方法族。R 桥接、AESTETIK 和 rctd-py 保持分离，因为它们有系统、平台或大型运行时要求；启用这些方法族前请参阅安装指南。
快速开始与分析流程 文档提供快速开始以运行首个分析：快速开始包含可下载的样本以及可在标准安装下运行的 Leiden 工作流；其样本具有空间坐标但没有 H&E 图像。SpaGCN 需要可选的 spatial-domains 额外组件。若使用 Docker，可将主机数据挂载到 /data，并使用容器路径（例如 /data/spatial_data.h5ad）进行提示。最小示例提示已提供。另有安装指南用于选择可选方法族或持久环境，配置指南用于配置其他 MCP 客户端，复现镜像可在不使用 LLM 的情况下复现手稿关键结果。
兼容客户端 ChatSpatial 可与任何兼容 MCP 的客户端配合使用，包括 Claude Code、Claude Desktop、Codex、OpenCode 及其他支持 MCP 的工具。
可复现性 每个发布版本都会在 -repro 标签下发布复现镜像。该镜像重新执行手稿实验中记录的 DLPFC 空间域和 OSCC CARD 去卷积工具调用，不调用任何 LLM，并将结果与报告值进行比较。reproducibility/ 目录包含镜像定义并描述其检查内容；手稿的实验和分析脚本位于 ChatSpatial-Reproducibility。若在研究中使用 ChatSpatial，需按要求引用；由于其编排了许多优秀的第三方方法，还应引用分析所用到的原始工具。
贡献与许可 欢迎文档改进、错误报告和新的分析方法，参见 CONTRIBUTING.md。项目采用 MIT 许可证。
限制说明 R 桥接、AESTETIK 和 rctd-py 因系统、平台或大型运行时要求而单独提供，启用前需查阅安装指南。SpaGCN 依赖可选的 spatial-domains 额外组件。快速开始样本不含 H&E 图像。关于具体方法名称、参数、安装命令等细节，本文未提供完整清单，暂未提供。