mcp-simple-pubmed 是一个 MCP（Model Context Protocol）服务器，旨在让 AI 助手能够搜索和读取 PubMed 医学与生命科学研究文献数据库中的文章。它通过 NCBI 的 Entrez API 提供访问。
用途 该工具主要用于文献检索与部分全文获取，适合需要从 PubMed 数据库中查找医学、生命科学论文的用户，尤其是希望通过 AI 助手辅助完成文献调研、系统综述等任务的场景。
主要能力
- 搜索 PubMed：支持使用关键词、MeSH 主题词、作者姓名、日期范围以及布尔运算符来检索数据库。
- 获取全文：在文章可获取的情况下（即 PubMed Central 中的开放获取文章），可以下载全文。工具返回的是 XML 格式的全文，作者指出这种格式对 AI 而言比人类可读的文本更有用，因为它提供了文档结构的额外信息。
- 访问摘要：通过资源 URI 获取文章的摘要和元数据。
- MCP Prompts（自 v0.1.14 新增）：提供提示词以帮助构建有效的 PubMed 检索，包括：
- 系统综述检索：生成包含 MeSH 词、同义词和日期过滤器的全面检索策略，用于系统综述。
- PICO 检索：使用 PICO 框架（人群、干预、对照、结局）构建临床问题检索。
- 作者检索：以正确姓名格式查找某位作者的全部出版物。 这些提示词引导 AI 构建优化的 PubMed 查询，让全面的文献检索更容易进行。
使用方式
- 安装：可以通过 Smithery 自动安装（用于 Claude Desktop），也支持手动安装。
- 环境变量：服务器需要设置以下环境变量：
- PUBMED_EMAIL：您的电子邮件地址（NCBI 要求）。
- PUBMED_API_KEY（可选）：用于提高速率限制的 API 密钥。
- 速率限制：标准限制为每秒 3 次请求。工具未实现速率限制，因为典型使用场景下 AI 不太可能产生更高流量。如需更高频率，可注册 API 密钥以获得每秒 10 次请求。
- 与 Claude Desktop 配合使用：需将配置添加到 Claude Desktop 的配置文件 claude_desktop_config.json 中。
- macOS SSL 证书修复：如果在 macOS 上遇到 SSL 证书验证错误（如自签名证书链问题），需要安装正确的证书包，替换命令中的 Python 版本号（如 3.13 替换为实际版本）运行脚本。该脚本随 python.org 的 Python 安装提供。也可从 Finder 运行。如果在 Claude Desktop 打开时进行此更改，需要退出并重新启动才能生效。
适用场景 适用于需要借助 AI 助手从 PubMed 检索医学和生命科学文献的研究人员、学生或从业者，尤其适合系统综述、临床问题探索和作者文献调研等任务。
限制
- 该工具无法访问付费墙或付费文章，用户可能需要通过图书馆访问或其他途径获取。
- 无法获取全文的情况不一定代表全文不存在：作者在测试中遇到一篇在 PubMed 上没有全文的论文，Claude 通过 DOI 访问出版页面时收到“forbidden”错误，但作者本人用普通浏览器能访问同一页面。因此，如果 AI 助手无法获取全文，建议手动用浏览器尝试。
- 全文以 XML 格式返回，可能不直接适合人类阅读，但作者认为对 AI 更有用。
