Annota 是一个 AI 驱动的论文标注 MCP 服务器，面向使用 Zotero 管理文献的研究者。它让 AI 读取 PDF 论文，理解内容后生成精确标注，并把结果保存回参考文献管理器。
主要能力：AI 阅读论文并创建标注；生成包含关键发现、方法与结论的结构化阅读摘要；提供 3 个 Claude Code 技能（斜杠命令）；采用两阶段工作流，先读取全文（成本低），再仅获取目标句子的坐标（精确），可减少 63–80% 的上下文占用；自动检测并跳过“References”部分，例如 21 页论文只提取 13 页；批量标注，一次 API 调用创建 10 个高亮；写入失败时返回友好错误而非崩溃。
使用方式：先克隆并安装，然后在 ~/.claude.json 或 Claude Code 的 MCP Servers 设置中配置。Zotero 数据目录位置：Windows 为 Zotero → Edit → Settings → Advanced → Data Directory Location（默认 C:\Users\YourName\Zotero）；macOS 为 Zotero → Settings → Advanced → Data Directory Location（默认 ~/Zotero）；Linux 默认 ~/Zotero。之后可直接用自然语言与 Claude 对话，或使用斜杠命令。
适用场景：高亮关键发现、标注假设与理论、解释公式、记录政策含义与结论、生成整篇论文阅读笔记、逐段详细笔记等。
限制与免责：Annota 直接写入 Zotero 的 SQLite 数据库，绕过 Zotero 内部一致性机制，这是为实现完全离线、本地优先标注工作流的设计选择。用户需自行负责数据库，使用前请备份 zotero.sqlite。未来版本计划迁移到官方 Zotero Web API / Local API。项目采用 MIT 许可，可用于研究和商业项目。
