Open Ontologies 是一个面向生产环境的本体工程工具，使用 Rust 编写并以单一二进制文件形式发布。其核心目标是让用户在生产本体上规划变更、在应用前查看所有后果，并向审查者提供无需信任即可复核的证明。
用途
该工具用于本体变更的生命周期管理：规划变更、应用变更、监控漂移、对引擎推导结果进行认证，以及在变更错误时回滚。它强调语义层面的影响分析，而非文本差异。工具本身不是本体编辑器，类层次结构的绘制应使用 Protégé 等工具；Open Ontologies 用于变更进入生产之前。
主要能力
- 语义化变更计划：类似 Terraform 的 plan/apply/rollback 流程，但计划是语义的而非语法的。文本 diff（如 git diff）无法展示语义后果，该工具可以。
- 影响范围报告：展示变更的所有后果，包括一个三元组变更可能带来的大量新推论。
- 证明证书：每次运行生成证书，包含两个制表符分隔的文件（asserted.tsv 和 derivations.tsv），记录断言和推导步骤。证书可由独立的 Lean 4 检查器验证，检查器有可靠性定理（OOCert.certificate_sound）。伪造的结论会被拒绝并指出违反的规则。
- 证书复核：持有证书文件的人可在任何时间独立复核，无需该软件的实例或网络。命令为
oo-cert asserted.tsv derivations.tsv。 - 摘要绑定：证书记录所用断言的摘要（asserted.sha256），持有存储的用户可运行
certificate-check <dir>验证摘要是否一致。该命令会说明其局限性：摘要绑定证书与字节，不绑定证书与世界状态。 - 推理与验证：支持 RDFS/OWL 推理，能检测不一致性。例如在 HQDM 文件上，tableaux 引擎找到 190 个可满足的命名类、39 个不可满足的类，与 HermiT 结果一致（但 HermiT 的结果在此仓库中仅作为意见，不构成证明）。
- 交叉映射（crosswalk）验证：对 SSSOM 格式的映射，引擎分别推理两侧，通过映射比较蕴含关系，报告证据支持的最紧匹配类型。不支持的 exactMatch 会被降级并给出原因，同时列出交叉映射未覆盖的术语。若翻译后的声明在目标中导致冲突，则报告为需要人工解决的分歧。
- 模块提取：
onto_module_extract计算基于签名的语法局部性模块，保证完整本体在签名上的每个蕴含也是子集的蕴含。该保证引用 Cuenca Grau 等人的定理（JAIR 2008），但工具不进行机器检查，报告会明确说明。在仓库的 pizza 本体上，模块为 1345 条公理中的 238 条，运行丢失 0 个结论（共 2583 个差异）。 - 保守性检查：
onto_conservative_check回答新增公理是否改变本体已使用名称上的任何结论。 - 矩阵证书：
oo-matcert从定义重新计算矩阵乘积，接受时打印 MatCert.mul_of_check。仅限整数。Freivalds 算法成本更低但给出概率，因此保持为带边界打印的意见。浮点报告容差，因为实数证明不适用于 IEEE-754。 - MCP 服务器：
serve命令启动 MCP 服务器，通过 stdin/stdout 使用 JSON-RPC，可与 Claude、Cursor 等客户端集成。
使用方式
工具以单一二进制发布。基本流程：规划变更、应用变更、监控漂移、认证推导、回滚。CLI 子命令如 open-ontologies validate <file.ttl>。MCP 服务器启动后看似停止，实则在等待客户端，这是正常行为。
连接 Claude：对于 Claude Code，在 ~/.claude/settings.json 添加配置块；对于 Claude Desktop，在 ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json 添加。重启客户端后，onto_* 工具可用。Cursor、Windsurf、Zed 和 VS Code 的配置见 docs/quickstart.md。
证书检查：oo-cert asserted.tsv derivations.tsv，退出码 0 表示接受。伪造结论会导致退出码 1 并指出规则。
适用场景
- 生产本体的变更管理，需要事前了解影响范围。
- 需要向审计人员提供可独立复核的证明，而非依赖信任。
- 本体对齐与交叉映射的质量验证。
- 模块化提取与保守性检查。
- 与 AI 客户端（Claude、Cursor 等）通过 MCP 集成进行本体操作。
限制
- 不是本体编辑器，不用于绘制类层次结构。
- 存储默认在内存中，除非设置
OPEN_ONTOLOGIES_STORAGE_MODE=persistent。加载后推理会从空存储开始，可能认证不了任何内容，工具会给出警告但容易被忽略。 --data-dir是标志而非环境变量，未指定时演示会写入~/.open-ontologies，可能影响真实工作。- 部分工具需要可选的 Cargo 特性：四个工具需要 embeddings，两个需要 plugins，两个需要 postgres 或 duckdb。发布的二进制和 GHCR 镜像使用默认特性集，因此不包含这八个工具。
- 证书摘要绑定字节而非世界状态，存储变更后恢复原状会得到相同答案。类型级形式的工作是决策 0010，尚在进行中。
- 模块提取的保证引用外部定理，工具不进行机器检查，lean/ 下没有关于局部性的文件。
- Python 包 open-ontologies-lite 是第二个引擎，纯 Python 推理，无需 Rust 工具链，其证书由相同的 Lean 二进制检查。两个引擎运行相同算法和规则表，其一致性主要排除转录错误，不能排除对 W3C 规则的共同误读；独立验证来自 Lean 检查器。
- 仓库还包含对齐、嵌入、PDDL 规划、临床交叉映射、插件市场和 CIVeX 等部分，各有独立文档和代码，本页不展开。
许可证与支持
引擎采用 MIT 许可证，并保持 MIT。托管平台版本见 tesseractsemantics.com。企业支持也通过该网站。
