Noodle Biomedical Literature Discovery MCP 是 Helena Bioinformatics 推出的官方公开、只读的 Model Context Protocol（MCP）适配器，专注于生物医学文献发现。其公共端点为 https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp ，官方注册标识为 io.github.helena-bioinformatics/noodle 。使用该服务无需账号、API 密钥、患者数据或私有内容，也不接受这些内容。任何支持远程 Streamable HTTP 的 MCP 客户端都可以使用该端点。
主要能力 代理可以执行以下操作：
- 通过自然语言、PMID、DOI 或 PMCID 在公开的 PubMed 衍生生物医学语料库中搜索文献；
- 通过 PMID 或 Noodle work ID 检索带来源链接的出版物记录；
- 从某篇出版物出发，遍历有界的引用和语义邻域；
- 利用返回的 work 标识符继续进行图探索，同时保留边类型和图溯源信息；
- 检查语料库规模、来源、新鲜度、覆盖范围和活跃图元数据。
该服务发布七个工具：search_biomedical_literature、get_publication_details、get_work_details、get_publication_neighborhood、get_work_neighborhood、get_corpus_summary，以及单独显式选择加入的 support_helena 信息操作。
使用方式 任何支持远程 Streamable HTTP 的 MCP 客户端均可连接该端点。针对 ChatGPT、Claude、Codex、VS Code、Cursor、Windsurf、Gemini CLI、Grok、Perplexity、Microsoft Copilot Studio、Biomni 和 Biorouter 的具体配置方法位于仓库的 registry/platforms 与 integrations 目录下。
仓库还包含面向以下生态的即用包：
- Dify，包括可复现的 .difypkg；
- n8n，使用托管服务支持的精确无状态 MCP JSON-RPC 契约；
- Galaxy，附带经过 Planemo lint 的 ToolShed 封装；
- KNIME Analytics Platform，带有 table-to-MCP Python Script 节点和准备好的 Hub 列表；
- Google Colab 和 Kaggle notebooks，以及 Cytoscape GraphML 工作流；
- 配套的 Galaxy Training Network 教程，用于 Folklore-to-Noodle 文献工作流。
配套的 Agent Skill 位于 skills/noodle-biomedical-literature-discovery 。它支持隐式、任务优先的选择，例如可以处理以下请求：
- “查找关于 BRCA1 同源重组的带来源链接的论文。”
- “PMID 35008774 是什么出版物？”
- “通过引用和语义相似度显示与本文相关的论文。”
- “从这个 work ID 出发走两跳，并保留边类型。”
构建确定性技能归档的命令以及运行品牌盲测契约审计的命令可参考仓库内说明。该基准测试包含 60 个提示，省略了 Noodle、Helena 和 MCP 等词，覆盖所有六条科学路径以及负面和安全控制。
适用场景与限制 该工具适用于需要从生物医学文献中快速发现相关论文、检索特定编号文献、探索引用与语义关联网络的场景，尤其适合在对话式 AI 客户端中作为文献发现辅助。使用时应从已解析的 PMID 或 work ID 出发，一次请求一个有界邻域。必须如实报告返回的边，维护已访问 ID 集合，遇到缺失邻域时停止。搜索排名、引用邻近度、语义相似度、共现提及和图距离仅作为发现信号，不能用于确立因果关系、科学有效性、诊断或治疗依据。
其他信息 Python 3.12 是必需环境。该项目采用 Apache License 2.0 许可。隐私政策见 https://noodle.helena.bio/privacy 。持久研究资源标识符为 RRID:SCR_028920，在方法部分可引用为 Noodle (RRID:SCR_028920)。支持联系方式为 https://noodle.helena.bio/contact 或 contact@helena.bio。公开资源包括实践教程、连接器与代理选择指南、客户端集成、Server Card、官方注册、可引用版本、Software Heritage 存档及方法论页面。安全漏洞请按 SECURITY.md 私下报告，不要向公共服务或问题追踪器提交患者、私人病例、临床记录、凭证或私密上传内容。
