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BioMCP 是一个命令行工具与 MCP 服务器，提供单一命令语法直接访问 PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactome 等 70 个可信生物医学数据源。研究人员、临床医生和 AI 智能体可以用同一套命令完成搜索文献、查询基因/变异/药物/疾病信息、跨实体转换、本地研究数据分析等操作，返回简洁、面向证据的结果，无需为每个数据源重建工作流。

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工具介绍

用途

BioMCP 将多个生物医学数据源统一到一个命令行二进制和一套命令语法中，帮助研究人员、临床医生以及 AI 智能体快速检索和整合证据。它同时是 MCP（Model Context Protocol）服务器，因此同一组工具可被 Claude Code、Codex、Claude Desktop 等 AI 智能体调用。

主要能力

  • 统一访问 70 个可信来源：直接查询 PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactome 等；另有十个来源通过其他来源的答案间接呈现。
  • 文献检索：search article 会跨 PubTator3 和 Europe PMC 展开搜索，对 PMID/PMCID/DOI 去重，并可在条件支持时加入 Semantic Scholar 数据。支持指定来源，包括 all、pubtator、europepmc、pubmed、semanticscholar、litsense2。
  • 跨实体转换：可从基因、变异、药物、疾病、通路、蛋白质或文章直接进入下一个内置视图，无需手工重建筛选条件。
  • 本地研究分析：study 命令系列针对下载的 cBioPortal 风格数据集，提供本地查询、队列、生存分析、比较、共现等工作流，并支持终端、SVG 和 PNG 图表。
  • 论文追踪：article citations、article references、article recommendations、article entities 可将一篇已知论文扩展为更广泛的证据图谱。
  • 富集与批量操作：biomcp enrich 提供基于 g:Profiler 的顶层富集；biomcp batch 可在一条命令中执行最多 10 个聚焦的 get 调用。
  • 渐进式输出：每个 get 命令支持选择 section 以聚焦输出；JSON 模式下响应包含 _meta.next_commands 和 _meta.section_sources 元数据。

使用方式

安装

PyPI 安装请使用 biomcp-cli，而非 biomcp（后者与本项目无关）。安装后二进制位于 ~/.local/bin，若该目录不在 PATH 中，安装器会打印一条添加命令，不会修改 shell 启动文件。Homebrew 安装依赖单独的 genomoncology/homebrew-biomcp tap 仓库存在。也可使用 GHCR 镜像进行快速 CLI 检查或不需本地安装的 stdio MCP 客户端。

作为 MCP 服务器

  • Claude Code 插件：先安装 biomcp 二进制，再添加托管插件市场并安装 BioMCP 插件。插件通过 biomcp serve 连接本地 stdio MCP 服务器。
  • Codex MCP 服务器：先安装二进制，再向 Codex 注册相同的 stdio MCP 服务器。
  • Claude Desktop 扩展：可从 Anthropic Directory 安装（如环境支持）；本地手动配置可使用 JSON MCP 配置。
  • 远程 HTTP 服务器：共享或远程部署时，远程客户端连接 http://127.0.0.1:8080/mcp，探测路由为 GET /health、GET /readyz、GET /。

命令语法

命令按实体和来源组织，表格区分可 get 的实体与仅可搜索的实体。跨实体助手帮助在相关实体间转换。凭据方面：多数命令无需凭据，可选密钥可改善速率限制或解锁可选富集。例如无 S2_API_KEY 时 search article 等仍可用，但使用共享未认证池，限速 1 请求/2 秒；有密钥则使用专用限速 1 请求/秒。

适用场景

  • 需要跨多个生物医学数据库快速检索证据的研究人员。
  • 希望通过自然语言让 AI 智能体调用生物医学工具的临床医生与开发者。
  • 进行本地 cBioPortal 风格数据集分析（队列、生存、比较、共现）的研究团队。
  • 构建生物医学 AI 工作流并需要 MCP 集成的开发者。

限制

  • BioMCP 本身为 MIT 许可，但上游数据源的使用条款约束数据复用，部分来源限制商业或临床用途。使用前需检查各来源条款并获取所需许可。KEGG 区分学术与非学术用途；COSMIC 因许可模式不兼容，仅以间接方式提供。
  • 部分功能需要注册或 API 密钥，例如 OncoKB 需要 ONCOKB_TOKEN，DisGeNET 需要 DISGENET_API_KEY。
  • References 和 recommendations 可能因 Semantic Scholar 上游覆盖的出版商省略而对付费论文返回空。
  • 限速是进程本地的；多并发 worker 场景需运行共享的 Streamable HTTP biomcp serve-http 端点。
  • 非回环绑定需要 --allowed-hosts；--unsafe-allow-any-host 仅关闭 Host 检查，不添加认证、TLS 或加密。远程部署应置于受信任的认证 TLS 代理之后或私有网络内。
  • BioMCP 不添加遥测、分析或远程日志上传，隐私声明见 https://biomcp.org/policies/。

其他信息

  • 仓库地址：https://github.com/genomoncology/biomcp
  • 问题反馈：https://github.com/genomoncology/biomcp/issues
  • 完整文档：https://biomcp.org/
  • 远程 HTTP 服务器有新人指南；仓库本地验证运行 make lint、make test、make spec，无支持的 make check 命令；make verify 仅用于可选的实时公共上游信心测试。
  • 项目使用 BioMCP 在 2025 年赢得 St. Jude's KIDS BioHackathon。
  • MCP Registry 所有权标记：mcp-name: io.github.genomoncology/biomcp。
  • 若在研究中使用 BioMCP，可通过 CITATION.cff 引用。

以上信息基于公开资料整理，具体功能细节、安装步骤和配置请以官方文档为准。

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