uniprot-mcp

用途

uniprot-mcp 是一个可审计的 UniProt MCP 服务器，旨在从 UniProt 及关联科学来源生成可验证、感知发布版本的蛋白质证据包。它帮助用户查找蛋白质、组装蛋白质、靶点和变异证据，并保留每个结果来源的可检查记录。

主要能力

• 来源追踪与验证：每个成功响应都记录 UniProt 发布版本、检索时间、解析后的来源 URL 和 SHA-256 摘要。uniprot_provenance_verify 工具可后续判断上游记录是否未变或已漂移。
• 完整工具目录：提供八个端点系列，全部为只读（readOnlyHint: true），除 uniprot_replay_from_cache 外均与至少一个上游服务交互（openWorldHint: true）。无需 UniProt API 密钥。
  • 核心 UniProtKB（10 个工具）
  • 受控词汇（4 个工具）
  • 序列档案与聚类（4 个工具）
  • 蛋白质组与文献（4 个工具）
  • 结构化跨库解析器（4 个工具，仅网关，不离开 UniProt 源）
  • 生物医学特征（7 个工具，纯 Python 组合，针对药物发现、治疗性蛋白工程、病原体分泌分析）
  • 跨源富集（3 个工具，唯一会咨询 rest.uniprot.org 之外的来源）
  • 组合与来源（5 个工具）
• 发布版本固定：可选中发布版本固定以实现严格可复现性。
• 离线重放：uniprot_replay_from_cache(url) 从由 UNIPROT_MCP_CACHE_DIR 指向的目录读取先前记录的响应。注意：缓存需由外部流程填充，自动写穿尚未接入请求路径。
• 预注册基准：tests/benchmark/ 提供 30 个提示的评估（Tier A/B/C × 10），带有 SHA-256 承诺的预期答案，确保作者无法事后修改正确答案。
• 测试与质量：1005 个离线测试 + 45 个实时集成测试，全部通过。行和分支覆盖率 100.00% 覆盖所有七个源文件。mypy（严格）、ruff、bandit、pip-audit 均无问题。

使用方式

• 一行命令运行（推荐免安装）：uvx uniprot-mcp-server
• 安装到环境：pip install uniprot-mcp-server
  • 注意：PyPI 上存在一个无关的 uniprot-mcp 包（不同作者，5 个工具，MIT）。运行 pip install uniprot-mcp 会静默安装错误的包。本包是 uniprot-mcp-server。
• 配置 MCP 客户端：在 claude_desktop_config.json 中配置。对于固定、可复现级别的访问，可启用发布版本固定。
• Claude Code（CLI）：支持。
• 自测：提供实时 UniProt 冒烟检查。

示例工作流

1. 针对 TP53 R175H 的临床变异解读包。
2. 一次调用生成药物靶点档案。
3. 用于缓冲液选择/表达系统选择的序列化学。
4. 来源往返——证明答案可复现。
5. 离线重放先前缓存的答案（读取原语）。

适用场景

• 生物医学研究人员需要可验证、可复现的蛋白质证据包。
• 临床变异解读，如 TP53 R175H。
• 药物靶点档案组装。
• 序列化学分析，用于缓冲液选择或表达系统选择。
• 需要审计追踪的受监管用户，可证明先前答案可复现或检测上游漂移。

限制

• 所有工具为只读，不提供写入或修改 UnniProt 的功能。
• uniprot_replay_from_cache 是读取原语，缓存必须由外部流程填充（例如维护者提供的基准捕获脚本，或用户自行包装 httpx 调用并按文档 JSON 形状写入目录）。自动缓存写穿尚未接入请求路径。
• 跨源富集工具会咨询 rest.uniprot.org 之外的来源，详见 PRIVACY.md 和威胁模型。
• 突变测试基础设施已发布，但 ≥95% 门限是 v1.2.0 目标，非当前状态。
• 配套的 topologica-bio 仓库目前为私有，采用 BUSL-1.1（变更日期 2030-04-19，自动回退至 Apache-2.0）。

引用与许可

• 通过 CITATION.cff 引用（GitHub 渲染“Cite this repository”按钮）。同时引用 UniProt Consortium：The UniProt Consortium. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2025. Nucleic Acids Research (2025). doi:10.1093/nar/gkae1010
• 许可：Apache-2.0，见 LICENSE 和 NOTICE。
• 版权 © 2026 Santiago Maniches. TOPOLOGICA LLC.

相关 MCP 服务器（同一作者）

• alphafold-sovereign-mcp — 集成 AlphaFold DB 与八个额外公共生物医学数据源，带本地 SQLite 知识图谱（pip install alphafold-sovereign-mcp）。
• semantic-scholar-mcp — 用于 Semantic Scholar（2 亿+学术论文），提供 14 个工具用于论文搜索、引用图遍历、作者档案和推荐（pip install s2-mcp-server）。