用途
ucsc-genome-mcp 是一个 Model Context Protocol（MCP）服务器，旨在让大语言模型应用能够查询 UCSC Genome Browser 的基因组数据、序列、数据轨道和元数据。它通过封装 UCSC Genome Browser API，使 LLM 可以调用多种基因组相关工具，适用于基因组研究、变异分析、比较基因组学、序列分析、数据发现和教学等场景。
主要能力
该服务器暴露 12 个工具，覆盖 UCSC Genome Browser API 的主要端点：
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列表与发现工具：
- find_genome：使用关键词、登录号或生物体名称搜索基因组。
- list_public_hubs：列出所有可用的公共轨道 hub。
- list_ucsc_genomes：列出所有 UCSC 数据库基因组。
- list_genark_genomes：列出 GenArk 组装 hub 基因组。
- list_hub_genomes：列出特定 hub 中的基因组。
- list_files：列出某个基因组可下载的文件。
- list_tracks：列出基因组或 hub 中的数据轨道。
- list_chromosomes：列出基因组或轨道中的染色体。
- list_schema：获取轨道的字段定义。
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数据检索工具：
- get_sequence：从基因组中获取 DNA 序列。
- get_track_data：获取轨道数据（基因、变异、注释等）。
- search_genome：在基因组组装内搜索。
使用方式
- 环境要求：Python 3.10 或更高版本。
- 安装方式：从源码安装。
- 依赖项：mcp>=0.9.0（Model Context Protocol SDK），httpx>=0.27.0（用于 API 请求的 HTTP 客户端）。
- 运行：服务器通过 stdio 通信，遵循 MCP 协议。
- 与 Claude Desktop 集成：在 Claude Desktop 配置文件中添加配置即可。
- MacOS 配置文件路径：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
- Windows 配置文件路径：%APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json
适用场景
- 基因组研究：查询基因位置、序列和注释。
- 变异分析：检索 SNP 和变异数据。
- 比较基因组学：访问多个物种的数据。
- 序列分析：获取 DNA/RNA 序列用于分析。
- 数据发现：查找可用的数据集和组装。
- 教学：通过交互查询学习基因组学。
限制与注意事项
- 请求频率：建议每秒最多 1 次请求。API 具有 botDelay 系统以防止过载，过度查询可能导致访问受限。
- 坐标系统：起始坐标为 0-based（第一个碱基为 0），结束坐标为 1-based（不包含）。例如 start=0, end=10 获取前 10 个碱基。
- 支持的轨道类型：get_track_data 工具支持 bed、bigBed、bigWig、genePred、bigGenePred、bigChain、bigPsl、bigMaf、narrowPeak、bigNarrowPeak、wiggle/wig、barChart/bigBarChart、interact/bigInteract 等多种类型，以及更多。
- 大数据集处理：对于超过 100 万项的轨道，使用分页；按染色体查询；使用 start/end 坐标指定较小区域。
- 错误处理：服务器处理 HTTP 错误（404、500 等）、无效参数、不存在的基因组/轨道/染色体、请求超时（默认 30 秒），并以文本响应返回描述性错误信息。
- API 请求地址：所有请求发送至 https://api.genome.ucsc.edu。
- 使用条款：本项目与 UCSC Genome Browser 交互，后者有其自身使用条款，详见 https://genome.ucsc.edu/conditions.html。UCSC Genome Browser API 的问题请联系 UCSC，本 MCP 服务器的问题请在仓库中提交 issue。
项目结构说明
- 添加新端点：在 list_tools() 中添加工具定义，在 call_tool() 中添加处理器，并更新 README 中的示例。
- 可手动测试单个端点。
版本
初始版本，支持所有主要 UCSC Genome Browser API 端点，12 个工具覆盖列表、发现和数据检索，包含完整文档和示例。
