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更新于 11-02 00:09

数据与分析

17,278 个结果

room-migrations-at-scale

该技能文档面向长期维护的 Room 数据库,讲解在历经二十多个 schema 版本后如何保持可升级能力。核心观点是:迁移应被视为一张有向图,而不是一条线性阶梯,需要显式声明完整的 (from,to) 边集合,而不能假设用户只会逐级跳一个版本。文档区分了构建期由 schema 差异生成、只能表达表与列增删改的自动迁移,以及任何涉及数据搬移都必须手写的迁移;并指出跳过中间版本时要用直连边跨过缺口,否则旧版本数据库无法打开。文中还列出若干陷阱:生成式迁移无法移动数据且失败不报错、手写迁移中拼接字符串值而非绑定参数带来的引号风险、触发器与视图不被 Room 管理需放在 onOpen 回调中幂等创建、多平台模块中迁移列表注册在平台 actual 里、schema 导出文件需纳入版本控制、删除规范只是声明而不执行删除。最后给出验证方法:用脚本检查所有版本的可达性、确认迁移与回调仅在 Android actual 注册、在草稿库上验证触发器可重复创建,以及用旧版本数据库文件而非全新安装来验证升级路径。

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room-rawquery-readonly-vacuum

这条技能条目讨论 Android Room 数据库中的一个具体问题:通过 @RawQuery 调用的原始 SQL 语句在 Room 2.8 中会被 KSP 生成为只读(isReadOnly=true)连接,因此在该连接上执行 VACUUM 压缩会报 “attempt to write a readonly database”。条目说明压缩应放在 RoomDatabase 子类中通过 useWriterConnection 与 execSQL 执行,调用前先做 wal_checkpoint(full),并把压缩失败当作非致命错误记录日志;同时提醒 PRAGMA wal_checkpoint 在只读连接上可用容易造成误判、VACUUM 不能在事务内运行、不做 checkpoint 则空间难以回收、压缩需重写整个文件应在明确的长操作场景执行,并给出查看生成代码、查询 pragma_query_only、测量文件大小、验证日志路径等排查方法。

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self-normalised-axes-need-a-second-shape

这是一篇关于自归一化雷达图(指纹图)实现陷阱的技术文章,基于 Kotlin 代码讲解如何用自身数据把各轴归一化到 0..1,并说明为何必须叠加第二个多边形作为对照。文章逐条分析除零守卫、NaN 与 coerceIn 的关系、take(5) 的隐含排序依赖、按规模而非除以规模做归一化、多查询拼接导致坐标轴互相矛盾、样本量不足时把“无读数”与“真实 0 值”混为一谈等问题,并给出可执行的只读 grep 校验命令与手工验收步骤。

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aeon

Aeon 是一个与 scikit-learn 兼容的 Python 时间序列机器学习工具包,提供分类、回归、聚类、预测、异常检测、分割和相似性搜索等任务的先进算法。该技能适用于对时间序列数据进行分类或预测、检测异常或变化点、聚类相似模式、预测未来值、查找重复模式(motif)或异常子序列(discord)、使用专门距离度量比较时间序列以及从时序数据中提取特征。安装命令为 uv pip install aeon。

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anndata

AnnData 是一个用于处理带注释数据矩阵的 Python 包,将实验测量数据(X)与观测元数据(obs)、变量元数据(var)以及多维注释(obsm、varm、obsp、varp、uns)一起存储。它最初面向单细胞基因组学,通过 Scanpy 使用,如今已作为通用框架,适用于任何需要高效存储、操作和分析的带注释数据。该技能适用于创建、读取或写入 AnnData 对象,处理 h5ad、zarr 等基因组学数据格式,进行单细胞 RNA 测序分析,使用稀疏矩阵或 backed 模式管理大型数据集,拼接多个数据集或实验批次,对带注释数据进行子集、过滤或转换,以及与 scanpy、scvi-tools 等 scverse 生态工具集成。核心能力涵盖数据结构、输入输出操作、拼接、数据操作和最佳实践。

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chembl-database

ChEMBL 数据库技能用于通过 Python 客户端程序化查询 ChEMBL 生物活性分子与药物发现数据。ChEMBL 是由欧洲生物信息研究所(EBI)维护的人工策展数据库,包含超过 200 万化合物、1900 万条生物活性测量、13000+ 药物靶点,以及已批准药物和临床候选药物数据。该技能适用于化合物搜索、靶点信息检索、生物活性数据(IC50、Ki、EC50)查询、药物信息查询、结构相似性/子结构搜索、化学信息学分析、靶点-配体关系探查以及药物发现中的抑制剂与激动剂识别等场景。使用前需安装 chembl_webresource_client 客户端,通过 new_client 访问 molecule、target、activity、drug 等端点进行查询。

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clinvar-database

ClinVar Database 是一个用于查询 NCBI ClinVar 数据库的技能,帮助用户检索人类遗传变异与表型之间的关系及临床意义。它支持按基因、位置、疾病或临床意义搜索变异,解读致病性分类(如致病、良性、意义未明 VUS),并通过 E-utilities API 或 FTP 批量获取数据。该技能还涵盖审查状态与星级评定、冲突解读处理、变异注释以及数据提交等内容,适用于临床遗传学研究和变异解读工作。

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flowio

FlowIO 是一个轻量级的 Python 库,用于读写流式细胞术标准(FCS)文件,支持 FCS 2.0、3.0 和 3.1 版本。它的主要用途是解析 FCS 文件的元数据与通道信息,并将事件数据提取为 NumPy 数组,便于后续分析或转换。FlowIO 依赖极少,适合后端服务、数据管道以及基础的细胞术文件操作。用户可以用它读取文件版本、事件数、通道标签、采集日期、仪器名称等信息,也能将事件数据导出为 CSV 或 Pandas DataFrame。此外,FlowIO 支持创建新的 FCS 文件,可将 NumPy 数组写入 FCS 3.1 格式(单精度浮点),并自定义 TEXT 段元数据。它还能处理多数据集 FCS 文件、检测偏移差异并允许忽略错误,以及通过 only_text 参数进行内存高效的元数据读取。安装命令为 uv pip install flowio,要求 Python 3.9 或更高版本。对于需要补偿、门控或 FlowJo 支持的高级分析,建议搭配 FlowKit 库使用。

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kegg-database

KEGG Database 是一个通过 REST API 直接访问 KEGG(京都基因与基因组百科全书)的技能,仅限学术用途。它支持通路分析、基因-通路映射、代谢通路查询、药物相互作用检查以及 ID 转换等操作,主要面向 Python 环境。该技能提供 Python 辅助函数(scripts/kegg_api.py)和详细参考文档(references/kegg_reference.md),涵盖数据库信息查询、条目列表、关键词与分子属性搜索、条目检索、ID 转换、交叉引用和药物-药物相互作用等核心操作,并附带多种常见分析工作流。

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pyhealth

PyHealth 是一个面向医疗健康 AI 的 Python 库,提供临床机器学习所需的专用工具、模型和数据集。它适用于开发医疗预测模型、处理临床数据、使用医学编码系统以及在医疗场景中部署 AI 解决方案。该技能通过模块化的五阶段流水线工作:数据加载(支持 MIMIC-III、MIMIC-IV、eICU、OMOP、睡眠 EEG、医学影像等 10 多个数据集)、任务定义(20 多个预定义临床预测任务或自定义任务)、模型选择(33 个以上模型,含通用与医疗专用模型)、训练(自动检查点、监控与评估)以及部署(校准、解释与临床验证)。其数据处理速度比 pandas 快 3 倍。安装命令为 uv pip install pyhealth,要求 Python ≥ 3.7、PyTorch ≥ 1.8 以及 NumPy、pandas、scikit-learn。

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reactome-database

Reactome Database 是一个免费、开源的精选通路(pathway)数据库技能,包含 2,825+ 条人类通路。它通过 Reactome 内容服务(ContentService)与分析服务(AnalysisService)的 REST API,以及 reactome2py Python 客户端,支持查询生物通路、进行过表征(overrepresentation)与表达数据分析、将基因或蛋白质映射到通路、探索分子相互作用、研究疾病相关通路,并可借助分析 token 在 Reactome Pathway Browser 中可视化结果,面向系统生物学研究场景。

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scikit-bio

scikit-bio 是一个用于处理生物数据的综合 Python 库,适用于生物信息学分析,涵盖序列操作、比对、系统发育、微生物生态学与多元统计。它支持 DNA、RNA、蛋白质等生物序列的读写与转换,可处理 FASTA、FASTQ、GenBank、Newick、BIOM 等 19 种以上生物文件格式。主要能力包括:序列比对(全局/局部、多序列比对)、系统发育树构建与分析(UPGMA、邻接法、GME、BME)、多样性指标计算(alpha/beta 多样性、UniFrac 距离)、排序分析(PCoA、CCA、RDA)、生态统计检验(PERMANOVA、ANOSIM、Mantel)以及蛋白质语言模型嵌入的处理。该库可与 Biopython、pandas、polars、AnnData、scikit-learn 及 QIIME 2 生态集成,常用于微生物组多样性分析、系统发育分析和比较基因组学等场景。安装命令为 uv pip install scikit-bio。

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scikit-learn

scikit-learn 是 Python 中经典的机器学习库,本技能为其提供系统化的使用指导,覆盖监督学习(分类、回归)、无监督学习(聚类、降维)、数据预处理、模型评估与超参数调优,以及构建生产级 ML 流水线。适合需要可解释、经典机器学习方法的场景,支持结构化(表格)数据与文本数据。技能内含快速上手示例、完整流水线代码、示例脚本与参考文档,并给出避免数据泄漏、仅在训练集上拟合、分层切分、设置随机种子等最佳实践,以及收敛警告、过拟合、大数据内存不足等常见问题的排查思路。

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