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更新于 10-27 00:15

数据与分析

17,004 个结果

onekgpd

onekgpd 是一个用于查询 1000 Genomes Project 数据集的技能:该数据集包含 3,202 名全基因组测序个体,基于 GRCh38 组装。它支持在参与者个体层面进行查询,既可以按区域和注释条件筛选变异(全队列或指定个体集合),也可以反向查找携带特定变异的个体,并支持按等位基因频率、VEP 后果与影响、ClinVar 临床意义、AlphaMissense 分类与评分、gnomAD 频率等条件过滤,还可区分杂合/纯合携带状态。此外可查询单一位点的纯合参考个体、两个指定个体间的亲缘关系(等级与 KING 亲缘系数)以及数据集总量信息。该技能通过 uv run 运行附带脚本,结果以 JSON 文件输出,无需 API 密钥。使用前必须先从权威来源解析基因或特征对应的 GRCh38 坐标,并先计数后选择。

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pinecone

Pinecone 是一个面向生产级 AI 应用的托管式无服务器向量数据库。本技能文档介绍如何通过其 Python 客户端以及 LangChain、LlamaIndex 集成来使用 Pinecone,涵盖索引创建、向量写入与查询、元数据过滤、命名空间、混合检索(稠密+稀疏向量)等核心操作,并给出性能指标、定价信息与最佳实践。适用于需要托管、自动扩展、低延迟(p95 <100ms)的 RAG 生产场景,以及需要混合搜索、不想自行管理基础设施的情况。文档同时说明何时应改用 Chroma、FAISS、Weaviate 等替代方案,并附有智能体操作流程与完整性规则。

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polars

Polars 是一个基于 Apache Arrow 构建的高性能 DataFrame 库,支持 Python 和 Rust。它提供基于表达式的 API、惰性求值框架和高效的数据处理能力,适用于 ETL、数据分析、pandas 迁移和数据管道优化。本技能文档介绍了 Polars 的安装方式、核心概念(表达式、惰性求值)、常见操作(选择、过滤、分组聚合、窗口函数)、数据 I/O、转换操作(连接、拼接、透视)、pandas 迁移对照以及性能优化最佳实践,并附带多份参考文档。

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pymc

PyMC 是一个用于贝叶斯建模与概率编程的 Python 库,本技能围绕 PyMC 6.x 与 ArviZ 展开,指导用户构建、拟合、检验并比较贝叶斯模型。内容涵盖分层(多水平)模型、NUTS MCMC 采样、变分推断、先验与后验预测检验,以及基于 LOO、WAIC 的模型比较。技能提供标准八步贝叶斯工作流、先验与似然分布选择指南、采样与推断参数建议、常见采样问题(发散、低有效样本量、高 R-hat、采样缓慢)的诊断与解决思路,并附带诊断脚本、模型比较脚本和线性回归、分层模型模板。适用于需要不确定性量化、分层数据结构、缺失数据或测量误差处理的统计建模场景。

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pytdc

PyTDC(Therapeutics Data Commons)是一个用于治疗性机器学习任务的 Python 包,通过 import tdc 使用。它提供任务与数据集发现、数据加载、任务适配的数据划分、预测评估以及基准测试组等功能。该技能基于 PyTDC 1.1.15(2025-03-31 发布,MIT 许可,源码仓库 mims-harvard/TDC),建议在隔离的 CPython 3.11 环境中安装,并固定 setuptools==80.9.0 以兼容其运行时对 pkg_resources 的依赖。使用流程强调先通过 tdc.metadata 或脚本进行无下载的元数据发现,再规划数据集、许可、缓存与划分,经用户批准后才执行下载与加载。数据集与任务许可各异,需逐一核实。

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qdrant-vector-search

Qdrant 是一个用 Rust 编写的高性能向量相似度搜索引擎与向量数据库,面向生产级 RAG 与语义搜索场景。它支持向量近邻检索、向量与元数据混合过滤、多向量存储(稠密与稀疏)、量化压缩、分布式分片与复制,并提供 REST 与 gRPC 两套功能对等的 API。可通过 Python 客户端(qdrant-client)或 Docker 部署使用,也提供 Qdrant Cloud 托管服务。适用于需要低延迟检索、混合搜索、水平扩展或本地化数据控制的生产 RAG、语义搜索与实时推荐系统。

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ray-data

Ray Data 是面向机器学习与 AI 工作负载的分布式数据处理库,支持跨 CPU/GPU 的流式执行,可处理大于内存的数据集。它支持读取和写入 Parquet、CSV、JSON、NumPy 等格式,并支持读取图像等多模态数据,可与 Ray Train、PyTorch、TensorFlow、HuggingFace 等框架集成。适用于大规模数据集(如超过 100GB)的 ML 训练预处理、分布式数据预处理、批量推理流水线以及从单机到集群的扩展。安装命令为 pip install -U 'ray[data]'。

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seaborn

Seaborn 是一个用于创建出版级统计图形的 Python 可视化库,与 pandas 深度集成。它面向数据集绘图,支持多变量分析、自动统计估计和多面板图形,用较少代码即可完成分布、关系和分类比较的快速探索。当前上游文档对应 seaborn 0.13.2,官方支持 Python 3.8+,必需依赖为 NumPy、pandas 和 matplotlib,scipy、statsmodels、fastcluster 为部分高级统计与聚类工作流的可选依赖。该技能提供函数接口与 seaborn.objects 声明式接口两种绘图方式,并附带绘图函数、网格、调色板与主题、对象接口等参考文档。

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shap

SHAP 是一个用于解释和审计机器学习预测的工具,通过特征归因说明已训练模型如何将输入映射到输出。该技能基于现代 shap.Explanation API,要求明确被解释的输出与背景分布,并在解读前验证每个解释。它对齐 SHAP 0.52.0(2026-05-28 发布),该版本要求 Python 3.12 或更高。适用于选择 SHAP 解释器与掩码器、计算和验证特征归因、进行全局与局部分析、多分类模型解释、队列与子组分析,以及文本和图像模型解释。使用时需固定已评估模型,使用留出或明确标注的分析行,并报告输出单位、基线、解释器、掩码器、样本选择及非因果声明等限制。

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sympy

SymPy 是一个用于符号数学计算的 Python 库,支持以数学符号进行精确计算,而非数值近似。该技能面向需要在 Python 中完成精确符号运算的场景,涵盖符号代数、微积分、方程求解、符号线性代数,以及通过 lambdify/LaTeX 进行代码生成。资料显示其测试版本为 SymPy 1.14.0(2025 年 4 月稳定版),要求 Python 3.9+,可使用 uv pip install "sympy>=1.14" 安装,可选安装 numpy、scipy、matplotlib 以支持 lambdify 与绘图示例。技能文档按模块组织参考文件,覆盖符号计算基础、微积分、方程求解、矩阵与线性代数、物理与力学、进阶数学主题、代码生成与输出打印等能力领域,并给出最佳实践(先定义符号、使用假设、精确算术、按需数值求值、用 lambdify 提升性能、选择合适的求解器)、常见用例模式、与 NumPy/Matplotlib/SciPy 的集成方式、常用函数速查、入门示例与常见问题排查。

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tensorboard

TensorBoard 是用于机器学习训练过程可视化的工具包,可通过 PyTorch 的 SummaryWriter 和 TensorFlow/Keras 回调记录并查看训练数据。它支持标量(如损失、准确率)、图像、文本、直方图、模型计算图、嵌入投影(t-SNE、PCA)、超参数实验以及性能分析等可视化能力。安装方式为 pip install tensorboard,PyTorch 需额外安装 torch、torchvision、tensorboard,TensorFlow 已内置。启动命令为 tensorboard --logdir=runs,默认在 http://localhost:6006 访问。适用于训练指标跟踪、模型调试、多实验对比、模型结构查看、嵌入降维可视化、超参数实验跟踪和性能瓶颈分析等场景。

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timesfm-forecasting

TimesFM Forecasting 是一个封装 Google Research 时间序列基础模型 TimesFM 的技能,用于零样本单变量时间序列预测。它无需训练即可对销售、传感器、能源、生命体征、天气等任意单变量序列返回点预测和经过校准的分位数预测区间。该技能包含强制性的系统预检脚本,在加载模型前检查内存、GPU 显存和磁盘空间,避免在用户机器上崩溃。TimesFM 2.5 使用 200M 参数,磁盘约 800 MB,CPU 内存约 1.5 GB,GPU 显存约 1 GB,支持最长 16,384 个上下文点。

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umap-learn

UMAP-Learn 是一个用于高维数据降维与嵌入的 Python 技能,基于 umap-learn(UMAP,Uniform Manifold Approximation and Projection)。它可生成快速、可扩展的嵌入,兼顾局部与全局结构,支持 2D/3D 可视化、监督与半监督降维、聚类预处理以及新数据变换。当前稳定版为 umap-learn 0.5.12,要求 Python 3.9+,依赖 scikit-learn>=1.6、numba、pynndescent、numpy 和 scipy。UMAP 遵循 scikit-learn 约定,可作为 t-SNE 或 PCA 的替代方案,并支持在管道中使用。

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uncertainty-and-units

该技能用于在科学计算中跟踪物理单位并传播测量不确定度,基于 pint 与 uncertainties 两个库。适用于单位换算(含需要物理背景的换算,如波长到光子能量、质量到物质的量、能量到温度)、通过测量模型传播不确定度(含相关输入)、依据校准证书与规格书构建 GUM 不确定度预算、选择包含因子 k、结果的舍入与书写、从曲线拟合中提取参数不确定度、审查既有分析代码中的单位与不确定度缺陷,以及检查量纲一致的结果是否物理上可能。技能提供离线本地 CLI 工具,包括不确定度传播、预算合成、结果格式化、单位换算、代码审计与合理性检查,并附带 GUM 方法论、pint 与 uncertainties 用法、领域换算、报告规则和合理性尺度等参考文件。不涵盖统计推断、模型选择或研究设计。

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usfiscaldata

usfiscaldata 是一个用于查询美国财政部 Fiscal Data REST API 的技能,可获取联邦财政数据。该 API 由美国财政部提供,免费开放,无需 API 密钥或注册。基础地址为 https://api.fiscaldata.treasury.gov/services/api/fiscal_service,可通过数据集搜索浏览 54 个数据集和 179 张数据表。技能涵盖国债(Debt to the Penny、历史未偿债务、联邦债务表)、每日与每月财政报表(DTS 运营现金余额、存款与取款、月度财政部报表)、利率与汇率(国债平均利率、财政部报告汇率、公共债务利息支出)、证券与拍卖(国债拍卖、即将拍卖、回购)、储蓄债券(I 债券利率、发行赎回与到期)等数据。支持 fields、filter、sort、format、page[size]、page[number] 等参数,过滤运算符包括 lt、lte、gt、gte、eq、in。响应为 JSON,包含 data、meta、links 结构,所有值以字符串返回。安装依赖使用 uv pip install requests pandas。适用于需要获取和分析美国联邦财政公开数据的场景。

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vaex

Vaex 是一个面向超大规模表格数据的高性能 Python 库,采用惰性求值与核外(out-of-core)DataFrame 设计,可处理超出内存容量的数据集。它通过内存映射的 HDF5 与 Arrow 文件实现按需计算,官方称每秒可处理超过十亿行,支持交互式数据探索与分析。Vaex 提供数据加载、过滤、虚拟列、分组聚合、可视化、机器学习集成以及多格式 I/O 等能力,适用于天文数据、金融时间序列等大规模科学数据集。安装方式为 uv pip install vaex(元包)或按需安装 vaex-core、vaex-viz、vaex-hdf5、vaex-ml 等子包。

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zarr-python

Zarr-Python 是一个用于存储分块、压缩的 N 维数组与数组组的 Python 库,支持本地、内存、ZIP 以及基于 fsspec 的 S3/GCS/HTTP 等存储后端,适用于并行 I/O、云原生工作流,并能与 NumPy、Dask、Xarray 集成。本条目为 Kalaris Labs 维护的社区指南,非 zarr-developers 官方包。当前上游版本为 zarr 3.2.1(2026-05-05 发布),新数组默认使用 Zarr 格式 3,可通过 zarr_format=2 兼容旧格式。

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