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更新于 11-05 00:16

智能体与模型

25,657 个结果

complexa-evaluate-pdbs

这是 NVIDIA/skills 中的 Complexa Evaluate-PDBs 技能，是一份面向智能体的操作手册，用于通过单独安装的第一方 Proteina-Complexa CLI 评估已有的 PDB 目录。它封装了 `complexa analysis <evaluate_config> ++sample_storage_path=<dir>`：先用 AF2（colabdesign）、RF3（rf3_latest）、ESMFold（esmfold）或 Boltz2（boltz2_default）对 PDB 重折叠，再计算结合界面指标（i_pAE、min_ipAE、i_pTM、pLDDT、binder/complex scRMSD）、单体可设计性与可共设计性；对 motif 输入额外计算 motif RMSD、motif 区域可设计性/可共设计性与序列恢复率，最后按 result_type 默认阈值聚合为逐 PDB 的 CSV 与通过率汇总。适用于蛋白质结合物、配体结合物、AME（motif+配体）等设计类型的批量打分。技能要求 GPU（AF2/RF3 需 ≥40GB 显存，ESMFold ≥24GB）、foldseek/mmseqs 等依赖，并包含预检、配置选择、运行、结果解析与 manifest 生成等步骤。注意该技能不负责生成设计，输入 PDB 需已存在。

智能体与模型6 次安装

complexa-sweep

complexa-sweep 是面向 Proteina-Complexa 设计流程的智能体运行手册（runbook），用于执行笛卡尔积参数扫描（parameter sweep）。它通过单独安装的第一方 CLI 与配置生成器工作：在 configs/sweeps/ 中选择或编写 sweeper YAML，用 script_utils/generate_inference_configs.py 将其展开为 N 份推理配置，再循环调用 complexa design 逐份运行，最后把各配置的成功指标汇总为排好序的 sweep_summary.csv 与可复放的 manifest。该技能包含预检、成本估算、多 GPU 分片、结果聚合与排名的操作指引。

智能体与模型6 次安装

complexa-target

complexa-target 是 Proteina-Complexa 中用于管理设计目标（target）定义的技能。它支持添加、编辑、查看和校验蛋白质结合剂、配体结合剂以及 AME 酶支架三类目标。目标定义分别存放在三个 YAML 文件中：configs/targets/targets_dict.yaml（蛋白质结合剂，默认流程）、configs/targets/ligand_targets_dict.yaml（配体结合剂）和 configs/design_tasks/ame_dict_v2.yaml（AME/酶支架）。complexa target CLI 仅管理前两类，AME 任务需直接编辑文件。该技能推荐直接编辑 YAML 而非使用 CLI，因为模式简短、现有条目可作模板，且能避免 14 个 CLI 标志和 SMILES 转义问题。使用流程包括：确定目标类型、收集必填信息、追加 YAML 块或使用 CLI、校验配置、输出产物。蛋白质目标需 name、source/target_filename、target_input 等字段；配体目标额外需要 ligand 字段。校验通过 complexa validate target 检查路径解析，但不验证残基身份或配体化学性质。该技能无需 GPU 或运行时环境，仅需 YAML 编辑。

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oil-delegate

oil-delegate 是一个把边界清晰的单次任务委托给外部编码智能体执行的技能工具。它支持 Claude Code（cc）、WorkBuddy（wb）、Antigravity（agy）、Codex、OpenCode、DeepSeek Harness（dsh）、Grok Build（grok）和 Kimi 等 runner，用户只需用自然语言说明需求，由当前 Agent 通过包装器脚本完成调用，无需另开终端。工具提供首次配置扫描、runner 启用与默认项设置、新任务派发、同一会话续接、dry-run 预览与结果验收等流程，并沿用各 CLI 自身的模型、provider 与登录状态，不传递或保存密钥。默认以 write 权限运行并禁止外部 Agent 执行 git 提交、推送、发布等操作，调用方负责范围、权限和最终验收。

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