codebase-knowledge-graph

Codebase Knowledge Graph (Graphify Integration)

Overview

Skill ini dirancang untuk memandu Research Agent dan Development Agent dalam menganalisis, memetakan, dan melacak arsitektur kode sumber (source code), skema basis data (SQL/PostgreSQL), infrastruktur (Terraform), serta dokumen pendukung pada proyek target ke dalam Knowledge Graph terstruktur.

Dengan mengintegrasikan engine Graphify (Apache 2.0, on-device Tree-sitter parsing 36+ bahasa), skill ini menggantikan pencarian fuzzy vector RAG tradisional dengan path-based structural graph traversal. Setiap relasi (edge) dilengkapi dengan tingkat kepastian (confidence tag: EXTRACTED, INFERRED, AMBIGUOUS) dan sitasi presisi hingga nomor baris (file:line).

Dependencies

extract-methodology
obsidian-vault-exporter
journal-template-formatter

Quick Start

Contoh penggunaan:

"Petakan arsitektur repositori proyek ini ke dalam Knowledge Graph menggunakan Graphify, temukan modul sentral (god nodes), dan ekspor laporan arsitekturnya ke struktur Obsidian Vault serta format Word DOCX terstandar."

Workflow & Guidelines

1. Deteksi Target Proyek & Multi-Project Isolation

Untuk mendukung eksekusi multi-proyek secara bersamaan (concurrent execution) tanpa saling mencemari graph:

Proyek Lokal Saat Ini: Eksekusi scan dilakukan di direktori akar (root) proyek target. Output otomatis disimpan di folder terisolasi <Target_Project_Root>/graphify-out/.
Proyek Eksternal / Multi-Project: Jika menganalisis repositori luar (misalnya /path/to/project-b), selalu teruskan parameter target_dir sehingga graph proyek pendukung tidak mencemari ruang kerja repositori utama.

2. Instalasi & Registrasi Engine Graphify

Sebelum melakukan pemetaan, pastikan CLI graphify sudah terpasang dan terdaftar pada AI Assistant:

# Instalasi via UV (rekomendasi) atau Pipx
uv tool install graphifyy

# Registrasi skill ke AI Coding Assistants (Claude Code, Cursor, Copilot, Aider, dll)
graphify install

3. Pemetaan Repositori (Building the Graph)

Jalankan perintah pemetaan di dalam lingkungan assistant atau terminal:

# Pemetaan penuh repositori
/graphify .

# Pemetaan inkremental (hanya perubahan berkas)
/graphify . --update

# Pemetaan mendalam (multi-pass architecture analysis)
/graphify . --mode deep

Output yang Dihasilkan (graphify-out/):

graphify-out/graph.html: Visualisasi grafik interaktif 2D/3D.
graphify-out/GRAPH_REPORT.md: Laporan arsitektur dan keterhubungan modul.
graphify-out/graph.json: Berkas Graph JSON machine-readable untuk query MCP.

4. Query & Traversal Berbasis MCP Server / CLI

Agen dapat memanfaatkan 10 MCP Tools (jika graphify.serve aktif) atau perintah CLI untuk menggali struktur kode secara presisi:

MCP Tool	CLI Equivalent	Fungsi Utama
`query_graph`	`graphify query "<prompt>"`	Query hubungan antar modul/fungsi berbasis teks alami.
`shortest_path`	`graphify path "<A>" "<B>"`	Menemukan jalur terpendek penghubung dua kelas/modul.
`get_node`	`graphify explain "<Node>"`	Mengambil detail spesifik, fungsi pemanggil, dan pemanggilan modul.
`god_nodes`	`graphify stats`	Mengidentifikasi modul/kelas sentral (core bottlenecks/central hubs).
`get_neighbors`	-	Melihat seluruh entitas yang terhubung langsung dengan suatu node.
`get_community`	-	Mengelompokkan komponen ke dalam cluster/subsystem arsitektur.
`graph_stats`	-	Mengambil statistik ringkasan total node, edge, dan bahasa.
`list_prs`, `get_pr_impact`, `triage_prs`	-	Menganalisis dampak perubahan Pull Request terhadap komponen lain di graph.

5. Multi-Project Obsidian Vault Export Strategy

Saat mengekspor luaran Knowledge Graph ke Obsidian Vault (Second Brain), terapkan aturan isolasi ketat agar tidak bercampur antar-proyek:

Subfolder Terisolasi: Tempatkan file ekspor di subfolder terpisah per nama proyek: Obsidian_Vaults/<project_name>/Graphify/

YAML Frontmatter Metadata Scoping:

---
project: "<project_name>"
type: "code-knowledge-graph"
source: "Graphify Engine"
created: 2026-07-31
tags:
  - project/<project_name>
  - graphify/code-graph
---

Scoped Dataview Query:

TABLE type, file.mtime
FROM "Projects/<project_name>/Graphify"
WHERE project = "<project_name>"

WikiLinks Namespacing: Berikan prefix nama proyek pada tautan 2 arah ([[ProjectName/ModuleName]]) untuk mencegah tabrakan nama note di Obsidian Graph View.

6. Standar Pemformatan Dokumen DOCX (Word Built-in Styles)

Apabila laporan arsitektur (GRAPH_REPORT.md) atau rangkuman hasil ekstraksi diekspor ke dalam format MS Word (.docx), agen WAJIB menerapkan standar gaya bawaan Word (Word Built-in Styles) berikut:

Gaya Paragraf Normal (Default Body Text):
- Alignment: Rata Kiri-Kanan (Justified / w:jc w:val="both").
- Line Spacing: 1.15 - 1.5.
- Paragraph Spacing: Space After 6pt (mencegah double enter manual).
- Font: Times New Roman / Calibri / Inter (11pt / 12pt).
Gaya Heading 1 s/d Heading 4 (Native Word Hierarchy):
- Terhubung langsung dengan Word Navigation Pane & Table of Contents (TOC).
- Heading 1: 16pt Bold, Space Before 12pt, After 6pt.
- Heading 2: 14pt Bold, Space Before 10pt, After 4pt.
- Heading 3: 12pt Bold/Italic, Space Before 6pt, After 2pt.
- Fitur Kritis: keep_with_next = True (mencegah judul terpisah dari paragraf pertama di bawahnya).
List & Table Styles:
- List Paragraph: Indentasi bullet/numbering teratur.
- Caption: Rata tengah (center-aligned), miring (italic), ukuran 9.5-10pt.

Few-Shot Guidance

❌ [SALAH] Query Mengambang & Dokumen Tidak Terstandar

Agent Answer: "Modul auth sepertinya terhubung dengan database via session."
DOCX Export: Paragraf rata kiri (left-aligned), tanpa pemformatan gaya Normal, menggunakan enter manual 2x antar paragraf, dan heading berbentuk teks biasa yang di-bold tanpa hirarki Word Navigation Pane.

✅ [BENAR] Graphify Grounding & DOCX Terstandar

Agent Answer:
AuthService → SessionStore → DatabasePool [EXTRACTED]
Location: src/auth/service.py:42 → src/db/pool.py:17
DOCX Export: Seluruh paragraf teks biasa terformat dengan gaya Normal (Justified rata kiri-kanan, spasi 1.15, space after 6pt), serta judul bab terstruktur dengan hierarki Heading 1-3 (keep_with_next = True).