用途
nature-figure 是一个用于科研论文配图的技能,主要面向创建、修改、审查和导出稿件中的科学图表。它适用于论文配图、科研绘图、多面板图(multi-panel figure)以及要求可直接投稿的图(submission-ready plots)。同时,它也覆盖图形摘要(graphical abstract)和 AI 示意图相关的规划、生成、修改与审查任务。
主要能力
- 支持两种绘图后端:Python(matplotlib / seaborn)与 R(ggplot2 / patchwork / ComplexHeatmap)。
- 提供图表契约(figure contract)流程:在写代码前,先写核心结论、梳理证据链、判定图型原型(archetype)、设定期刊与导出契约。
- 支持多面板证据架构:把一个 Results 级别的科学问题拆成具有不同推断角色的面板,而不只是不同指标的堆叠。
- 提供模板适配流程,用于安全复用内置示例、有许可的外部素材或用户提供的绘图代码。
- 支持 AI 图形摘要路线:包括信息与受众简报、构图与配色流程、政策门禁、人工科学审查、披露边界与来源要求;可通过 generate_openrouter_schematic.py 进行真实 API 调用或可复现载荷。
- 支持手工构建、可编辑的矢量示意图路线(架构、流程、智能体/模型框图、机制流),需先与用户确认简报,并在交付前对 SVG 运行 audit_svg_schematic.py。
- 提供渲染质检与交付前检查:渲染时面板对齐门禁、validate_figure.py、audit_pdf_text.py、audit_figure_collisions.py,并要求逐面板检查不确定性、显著性、间距与歧义。
使用方式
技能按路由协议执行:
- 先检查是否属于图形摘要或 AI 示意图路线;若是规划或审查类任务,不要求选择 Python 或 R。
- 读取 manifest.yaml 与 always_load 文件(static/core/contract.md、static/core/stance.md)。
- 解析绘图后端:若任务已明确选择 Python 或 R 则使用并保存;否则复用任务中已确定的选项;若都没有,则运行 scripts/nature_figure_backend.py get 读取已保存偏好;仍无则询问一次“Python 或 R?”。已选定后端在绘图、预览、导出与视觉 QA 中保持独占。
- 加载匹配的后端片段(static/fragments/backend/python.md 或 r.md)。
- 依次应用图表契约、多面板证据架构、默认立场、后端片段,需要时进行模板适配。
- 执行渲染质检与交付前检查:对多面板图运行面板对齐门禁,对绘图源运行 validate_figure.py,对导出 PDF 运行 audit_pdf_text.py 与 audit_figure_collisions.py。
- 每次生成或修改后必须导出最终 PDF 并重新运行碰撞审计;碰撞审计使用命令:
python skills/nature-figure/scripts/audit_figure_collisions.py figure.pdf
--json-out figure.collision-audit.json
--overlay-pdf figure.collision-audit.pdf
适用场景
- 论文配图与科研绘图。
- 多面板图规划、重构与审查。
- 可直接投稿的图表制作。
- 图形摘要与 AI 示意图的规划、生成、修改与审查。
- 手工构建可编辑矢量示意图。
- 针对旗舰期刊 Nature 或 Nature Machine Intelligence 的图表要求进行适配(需加载对应参考文件)。
限制
- 后端选择仅适用于渲染或编辑绘图代码;只读图表审查与后端无关的数据检查可不做该选择。
- 不得仅凭美观猜测或选择后端;仅在用户明确要求选择时推荐后端。
- AI 生成的示意图应视为草图或图形摘要草稿,不作为定量数据面板;不得编造实验数值、作者标识、机构标记或缺乏支持的机制。
- 矢量示意图路线不绘制数据。
- 面板对齐检查中,FIX BEFORE DELIVERY 或退出码 1 会阻止导出;NOT AUDITABLE 或退出码 2 会阻止“对齐通过”的声明。不得放宽全局公差来掩盖单个有意的例外。
- 碰撞审计的标记 PDF 仅作为 QA 诊断产物,绝不替代所选后端的源文件或投稿文件。
- 若缺少 PyMuPDF,需安装 requirements.txt;否则应报告依赖阻碍,不得声称已完成碰撞验证。
- 图表应服务于科学逻辑,美学打磨服从于让核心结论清晰、可辩护、可审查。
- 具体价格、收费、平台支持与效果信息暂未提供。