biomedical-search

用途

Biomedical Search 用于跨多个主要生物医学数据库进行统一检索。它通过 Valyu 的语义搜索 API，将 PubMed、bioRxiv、medRxiv、ClinicalTrials.gov 和 FDA 药品标签等来源整合到一次自然语言查询中，适合需要同时获取文献、临床试验和官方药品信息的场景。

主要能力

多源同时检索：一次查询覆盖 PubMed、bioRxiv、medRxiv、临床试验和药品标签。
自然语言查询：直接传入自然语言问题，无需解析或构造复杂 API 参数。
语义搜索：理解查询含义，而非仅做关键词匹配。
全文访问：返回文献、试验和药品标签的完整内容。
图片链接：在可用时包含图表和图片链接。
统一结果：所有生物医学来源的结果在单次查询中一并返回。

使用方式

环境要求

Node.js 18+（使用内置 fetch）
Valyu API 密钥，可从 https://platform.valyu.ai 获取（含 10 美元免费额度）

脚本路径解析

文档中的 scripts/search 命令相对于该技能的安装目录。运行前需先定位脚本：

BIOMEDICAL_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/biomedical-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

随后使用完整路径执行命令：

$BIOMEDICAL_SCRIPT "CAR-T cell therapy" 20

API 密钥设置流程

当运行搜索并收到 "setup_required": true 时，按以下流程操作：

向用户索取 API 密钥：“To search biomedical databases, I need your Valyu API key. Get one free ($10 credits) at https://platform.valyu.ai”
用户提供密钥后运行：

scripts/search setup <api-key>

重试原始搜索。

输出格式

{
  "success": true,
  "type": "biomedical_search",
  "query": "CAR-T cell therapy",
  "result_count": 20,
  "results": [
    {
      "title": "Title",
      "url": "https://...",
      "content": "Full content...",
      "source": "pubmed|biorxiv|medrxiv|clinical-trials|drug-labels",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/figure1.jpg"]
    }
  ],
  "cost": 0.035
}

使用 jq 处理结果

# Get titles
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].content'

# Filter by source type
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[] | select(.source == "clinical-trials") | .title'

常见用例

临床研究规划：

scripts/search "phase 2 trials checkpoint inhibitors melanoma" 50

药物安全性评估：

scripts/search "SGLT2 inhibitors cardiovascular safety" 40

治疗方案制定：

scripts/search "pembrolizumab dosing regimens NSCLC" 30

医学写作：

scripts/search "JAK inhibitors rheumatoid arthritis efficacy" 60

错误处理

所有命令返回带 success 字段的 JSON：

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

退出码：

0 - 成功
1 - 错误（查看 JSON 了解详情）

API 端点

Base URL: https://api.valyu.ai/v1
Endpoint: /search
Authentication: X-API-Key header

架构

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

直接使用 Node.js 内置 fetch() 调用 API，无外部依赖。

集成到项目

如需将 Biomedical Search 直接集成到 AI 应用中，可使用 Valyu SDK。

Python 集成：

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv", "valyu/valyu-clinical-trials", "valyu/valyu-drug-labels"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript 集成：

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv", "valyu/valyu-clinical-trials", "valyu/valyu-drug-labels"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

完整集成示例和 SDK 参考请见 Valyu 文档。

适用场景

完整的生物医学信息收集
临床研究与基础科学结合
同时查找试验、文献和官方药品信息
循证医学研究
从多个角度理解疾病

限制

需要 Node.js 18+ 环境。
需要 Valyu API 密钥，密钥可从 https://platform.valyu.ai 获取（含 10 美元免费额度）。
搜索会产生费用，输出中的 cost 字段显示单次查询成本。
其他限制暂未提供。