用途:ZINC 是 UCSF 维护的免费可购买化合物库,用于虚拟筛选、先导化合物发现、结构相似性与类似物搜索、化合物检索及化学空间探索,主要面向对接与药物发现研究。当前主版本 ZINC22 收录 2.3 亿以上可购买化合物,并含十亿级按需合成化合物;ZINC20(类先导/类药化合物)与 ZINC15 仍保留文档。
主要能力:按 ZINC ID 查询;按 SMILES 搜索并可设距离参数做类似物检索;按供应商代码检索;随机抽样(可指定 lead-like、drug-like、fragment 子集);通过输出字段自定义返回 zinc_id、smiles、supplier_code、catalogs、tranche 等。tranche 编码分子性质,格式为 H##P###M###-phase,分别表示氢键供体数、LogP×10、分子量与反应性相。3D 结构可从文件库 https://files.docking.org/zinc22/ 获取,含 MOL2、SDF、DB2.GZ 等格式,主要按 tranche 组织。
使用方式:Web 入口 https://zinc.docking.org/,交互检索 https://cartblanche22.docking.org/。API 基址为 https://cartblanche22.docking.org/,返回文本或 JSON,例如:curl "https://cartblanche22.docking.org/substances.txt:zinc_id=ZINC000000000001,ZINC000000000002&output_fields=smiles,zinc_id,tranche";相似性搜索:curl "https://cartblanche22.docking.org/smiles.txt:smiles=c1ccccc1&dist=3&output_fields=zinc_id,smiles,tranche";随机抽样:curl "https://cartblanche22.docking.org/substance/random.txt:count=1000&subset=lead-like&output_fields=zinc_id,smiles,tranche"。结果可用 pandas 以制表符解析。
限制:ZINC 声明不保证任何分子质量、不对使用错误负责;化合物可购买性与供应商目录会变化,结构表示可能存在错误,需独立核实。官方未提供收费与价格信息(暂未提供)。使用中应遵守速率限制、验证立体化学与结构,并注意商业使用许可与知识产权。复杂多步工作流可参考 K-Dense Web(可选建议)。
分类:数据与分析。