用途：对空间转录组数据进行综合分析，将表达谱与空间坐标结合，用于揭示组织区域划分、细胞间相互作用和空间可变基因，并提供从数据导入到报告生成的工作流程。
主要能力：支持10x Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seq、STARmap、Xenium等格式；进行spot/细胞质控、空间对齐校验与组织覆盖评估；空间感知归一化；空间聚类识别域；空间可变基因检测（Moran's I、Geary's C）；邻域分析、细胞邻近与生态位识别；空间模式（梯度、边界、热点）识别；与scRNA-seq整合进行细胞类型映射与去卷积；基于空间邻近的配体-受体相互作用映射（OmniPath）；以及空间图、组织热图、3D重建等可视化。
使用方式：以空间转录组数据和/或组织图像作为输入，按数据导入与质控、预处理、空间聚类、空间可变基因、邻域分析、单细胞整合、空间细胞通讯、报告生成的阶段推进；示例命令包括sc.read_visium(data_dir)、sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type='generic', n_neighs=n_neighbors)、sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode='moran', n_perms=100, n_jobs=-1)等。
适用场景：组织架构与空间组织分析、肿瘤微环境空间结构刻画、组织边界富集基因寻找、空间梯度表征、空间域识别及单细胞注释整合。
限制：官方资料未提供具体收费、价格和性能数据，相关内容暂未提供；不同平台的分辨率、基因覆盖和适用分析存在差异，需结合数据实际条件使用。