用途:从 RCSB PDB、PDBe 和 AlphaFold 检索蛋白质结构,进行蛋白身份消歧、质量评估并输出结构档案。
主要能力:按蛋白名、PDB ID 或 UniProt 检索;获取元数据、实验详情、分辨率、配体、相似结构;通过 PDBe 获取条目摘要、分子实体、结合位点;无实验结构时提供 AlphaFold 预测及 pLDDT 置信度。支持质量分级与回退链(RCSB→PDBe,实验结构→AlphaFold)。
使用方式:基于 ToolUniverse,工具调用需用英文术语(蛋白名、物种名),仅在英文无结果时才尝试原语言;回复使用用户语言。典型流程:明确需求→消歧→静默检索→生成结构档案报告。核心工具包括 search_structures_by_protein_name、get_protein_metadata_by_pdb_id、get_protein_experimental_details_by_pdb_id、get_protein_resolution_by_pdb_id、get_protein_ligands_by_pdb_id、get_similar_structures_by_pdb_id、pdbe_get_entry_summary、pdbe_get_molecules、pdbe_get_binding_sites、alphafold_get_structure_by_uniprot。
适用场景:药物发现靶点、同源建模模板选择、结构比较、仅有 UniProt 时获取 AlphaFold 预测。
限制:需确认蛋白身份与物种,否则结果可能有歧义;无实验结构时改用 AlphaFold,但其低置信区不适用于结合位点分析;分辨率缺失可能为 NMR 或模型。具体收费、价格暂未提供。