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tooluniverse-network-pharmacology

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更新于 10-16 03:38

技能介绍

该技能用于构建和分析化合物-靶点-疾病(C-T-D)网络,识别药物重定位机会、理解多靶点(polypharmacology)效应并预测药物机制。适用于询问某药能否基于网络分析重定位到某疾病、需要网络邻近性分析、疾病模块覆盖或枢纽基因识别等场景;简单药物重定位、单靶点验证、仅不良事件检测、通用疾病研究和GWAS解读应改用其他对应技能。

输入参数:entity(必填,化合物/靶点/疾病名称或ID);entity_type(可选,compound、target、disease,省略时自动识别);analysis_mode(可选,compound-to-disease、disease-to-compound、target-centric、bidirectional,默认bidirectional);secondary_entity(可选,用于聚焦分析的第二个实体)。执行时工具调用须使用英文术语,用户语言仅作回退,回复使用用户语言。

主要能力包括实体标识解析(OpenTargets、DrugBank、PubChem、Ensembl、MyGene等)、网络节点识别、边构建(化合物-靶点生物活性、靶点-疾病遗传与功能关联、化合物-疾病临床证据、靶点-靶点PPI)、网络指标计算(邻近性、中心性、模块重叠)、候选排序与机制预测。评分体系为0-100分,含网络邻近性(0-35)、临床证据(0-25)、靶点-疾病关联(0-20)、安全性(0-10)、机制可信度(0-10),分为Tier 1至Tier 4优先级。证据分级为T1人类临床/监管证据、T2功能实验证据、T3关联/计算证据、T4预测/注释/文本挖掘。

工作流程分阶段:Phase 0实体消歧并首先创建报告文件,随后逐阶段填充;Phase 1识别节点;Phase 2构建边;Phase 3进行网络分析。使用示例包括通过ToolUniverse加载工具并调用OpenTargets、drugbank、ChEMBL、STRING、CTD等接口,如tu.tools.OpenTargets_get_drug_chembId_by_generic_name等。限制:所有结论依赖公开数据库覆盖度,负结果需记录;未提供具体收费、平台部署或效果保证信息。