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更新于 10-16 03:38

技能介绍

用途:该技能用于协调并整合多个组学数据集(转录组、蛋白质组、表观基因组、基因组、代谢组),开展跨组学关联、多组学聚类、通路层级整合与跨分子层的统一解读,服务于系统生物学与精准医学场景。

触发场景:用户拥有多个组学数据集(如 RNA-seq 与蛋白质组、甲基化与表达等)、请求整合性多组学分析、提出跨组学关联问题(如“甲基化如何影响表达”)、寻找多组学生物标志物,或涉及需多个分子层的系统生物学与精准医学问题。

主要能力:数据整合(跨组学样本匹配、缺失值处理、尺度归一化);跨组学关联(表达与蛋白、甲基化与表达等);多组学聚类(MOFA+、NMF、联合聚类);通路整合(在通路层级合并多组学证据);生物标志物发现;协调 RNA-seq、表观基因组、变异分析、蛋白互作、基因富集等子技能;可视化(Circos 图、整合热图、网络图);生成整合报告。

工作流程:输入多组学数据集后,依次进行数据加载与质控、样本匹配、特征映射、跨组学关联、多组学聚类、通路层级整合、生物标志物发现与生成整合报告。支持的格式包括表达矩阵、MaxQuant/Spectronaut/DIA-NN 输出、IDAT、VCF、SEG、代谢物峰表等,并针对各类型提供质控步骤。

限制:资料未提供具体安装命令、依赖版本、运行环境、收费或价格信息,亦未提供实际执行示例的完整代码与参数细节,相关事实暂未提供。