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tooluniverse-infectious-disease

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更新于 10-16 03:39

技能介绍

这是一个面向新发病原体快速响应的工作流技能,名称 tooluniverse-infectious-disease,属于 wu-yc/labclaw 项目。其用途是:当出现新病原体时,快速给出可能有效的药物方向、必需靶点与证据整理。

主要能力按阶段组织。第一阶段为病原体识别,通过 NCBI Taxonomy 进行分类学归类,并寻找近缘病原体以迁移已有药物知识。第二阶段为靶点识别,检索 UniProt 中病原体蛋白,依据必需性、保守性、可成药性和药物先例对靶点排序。第三阶段为结构预测,使用 NvidiaNIM(AlphaFold2/ESMFold)预测靶点结构并用 pLDDT 评估质量。第四阶段为药物重定位筛选,收集已获批药物、广谱抗病毒药及相关靶点药物,并用 NvidiaNIM_diffdock 做分子对接排序。第四点五阶段为通路分析,基于 KEGG 查找代谢与宿主-病原互作通路。第五阶段为文献情报,检索 PubMed、BioRxiv、MedRxiv、ArXiv、临床试验与 OpenAlex 引用。第六阶段合成报告。

使用方式上,它要求采用报告优先流程:先创建 [PATHOGEN]_outbreak_intelligence.md,并另输出 [PATHOGEN]_drug_candidates.csv 与 [PATHOGEN]_target_proteins.csv;引用需标注来源(如 UniProt、ChEMBL)。工具调用须使用英文术语,但可用用户语言回复。资料还列出了已知参数修正,例如 NCBI_Taxonomy_search、UniProt_search、ChEMBL_search_targets 应使用 query 参数,NvidiaNIM_diffdock 应使用 protein 参数。

适用场景为:新病原体药物可能性评估、新发病毒治疗选项、药物重定位候选、病原体必需靶点与药物开发、已知药物对新病原体的重定位等。

限制方面:资料强调速度优先、靶点须为保守必需蛋白、优先 FDA 已获批化合物、候选按证据强度分级;预印本未经同行评审需谨慎使用。具体的收费、价格、平台与效果数据暂未提供。