SuperAPI AI 工具集

tooluniverse-gene-enrichment

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更新于 10-16 03:39

技能介绍

用途:对基因列表做富集与通路分析,覆盖 GO(BP/MF/CC)、KEGG、Reactome、WikiPathways、MSigDB。

主要能力:支持 ORA(gseapy.enrichr,Fisher 精确检验)与 GSEA(gseapy.prerank,需带评分的排序基因列表);用 PANTHER、STRING_functional_enrichment、ReactomeAnalysis_pathway_enrichment 做多来源交叉验证;用 MyGene_batch_query、STRING_map_identifiers 做基因 ID 识别与转换;支持 BH/Bonferroni 等多重检验校正、基因集大小过滤与证据分级(T1–T4)。

使用方式:先建报告文件,再检测并转换基因 ID(如 ENSG 去版本号),然后运行 gseapy 主分析,再用 ToolUniverse 工具交叉验证,最后汇总报告。工具调用参数需用英文(基因名、通路名、物种),回复可用用户语言。示例参数:gseapy.enrichr(gene_list=..., gene_sets='GO_Biological_Process_2021', organism='human');PANTHER_enrichment 的 gene_list 为逗号分隔字符串,ReactomeAnalysis 的 identifiers 为空格分隔;ORA 阈值默认校正后 P<0.05,GSEA 常用 FDR q<0.25。

适用场景:差异表达、聚类等实验得到的基因列表;关注富集的生物学过程、分子功能、细胞组分或通路;需要可发表级别的交叉验证结果。

限制:仅用于富集分析,不用于网络药理学、疾病表征、单基因功能查询、空间组学或纯蛋白互作;非人类物种支持程度有限(大鼠、果蝇、线虫、酵母的 gseapy 支持有限,Reactome 多用投影);p 值、平台或价格等信息暂未提供。