用途：Reactome 是免费开源、人工审校的通路数据库，该技能用于查询生物通路、执行过表征（富集）与表达分析、把基因或蛋白映射到通路、探索分子互作与疾病通路，并可在 Reactome Pathway Browser 中可视化结果。
主要能力：提供两类 API 及一个 Python 客户端。Content Service（基址 https://reactome.org/ContentService）用于检索通路层级、蛋白/反应/复合物等实体、参与分子、数据库版本等。Analysis Service（基址 https://reactome.org/AnalysisService）用于对基因列表做过表征分析、对表达数据做分析及跨物种种属比较（/projection/ 端点映射到人类通路）。reactome2py 为包装 API 的 Python 客户端，安装命令：uv pip install reactome2py；资料注明其版本 3.0.0（2021 年 1 月发布）可用但已不再积极维护，建议优先直接调用 REST API。
使用方式：用 requests 向 Content Service 查询，如 GET https://reactome.org/ContentService/data/database/version 获取版本，GET .../data/query/R-HSA-69278 查询实体，GET .../data/event/{id}/participatingPhysicalEntities 获取参与分子。过表征分析以纯文本标识符列表 POST 到 https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/，返回结果含 token，可用 GET .../token/{token} 在 7 天内取回结果。表达分析需 TSV 格式、首行以 # 开头，首列为标识符，其后为数值，小数用句点。结果可拼接为 https://reactome.org/PathwayBrowser/#{pathway_id}&DTAB=AN&ANALYSIS={token} 进行可视化。支持 UniProt、基因符号、Ensembl、EntrezGene 及 ChEBI 等标识符并自动识别。技能内含 scripts/reactome_query.py 辅助脚本，命令示例：python scripts/reactome_query.py query R-HSA-69278、python scripts/reactome_query.py analyze gene_list.txt、python scripts/reactome_query.py version。
限制：分析 token 仅 7 天有效；reactome2py 不再积极维护；资料未提供收费、定价与平台要求信息，暂未提供。数据库统计（版本 94，2025 年 9 月）为 2,825 条人类通路、16,002 个反应、11,630 个蛋白等。