PubMed 是美国国家医学图书馆（U.S. National Library of Medicine）提供的综合数据库，免费开放 MEDLINE 及生命科学文献。本技能用于构建高级检索式，并通过 E-utilities API 程序化访问数据，服务于系统综述与文献分析。
一、用途与适用场景 适用于以下情况：检索生物医学或生命科学研究文章；构建含布尔运算符、字段标签或 MeSH 主题词的复杂检索式；开展系统文献综述或元分析；通过 E-utilities API 程序化访问 PubMed 数据；按作者、期刊、出版日期、文章类型等条件查找文献；获取引文信息、摘要或全文；处理 PMID 或 DOI；创建文献监测或数据抽取的自动化工作流。
二、主要能力
- 高级检索式构建：使用 AND、OR、NOT 组合概念，用字段标签限定检索范围，用双引号做精确短语匹配，支持通配符和邻近检索。示例：diabetes mellitus[mh] AND treatment[tiab] AND systematic review[pt] AND 2023:2024[dp]；作者检索示例：smith ja[au] AND cancer[tiab] AND 2023[dp] AND english[la]。字段标签匹配模式：[au]|[ti]|[ab]|[mh]|[pt]|[dp]。
- MeSH 主题词与受控词表：[mh] 标签检索 MeSH 主题词并自动包含下位词，[majr] 限定主题为主要焦点，可配合副主题词（如 /diagnosis、/drug therapy、/epidemiology、/etiology、/prevention & control、/therapy）。
- 文章类型与出版过滤：按出版类型 [pt]（Clinical Trial、Meta-Analysis、Randomized Controlled Trial、Review、Systematic Review、Case Reports、Guideline）、日期（2024[dp]、2020:2024[dp]、2024/03/15[dp]）、文本可得性（free full text[sb]、hasabstract[text]）过滤。
- 通过 E-utilities API 程序化访问：核心端点包括 ESearch、EFetch、ESummary、EPost、ELink。资料给出 Python requests 示例，分两步检索与获取摘要，并说明速率限制：无 API key 为 3 请求/秒，有 API key 为 10 请求/秒，需包含 User-Agent 头，大型结果集使用 history server（usehistory=y），建议本地缓存并遵守速率限制。API 端点匹配模式：esearch|efetch|esummary|epost|elink|einfo。
- 引文匹配与文献获取：按 PMID（12345678[pmid]）、DOI（10.1056/NEJMoa123456[doi]）、PMC ID（PMC123456[pmc]）检索；通过 ECitMatch API 用期刊、年份、卷、页、作者匹配 PMID；也可用作者与元数据检索。
- 系统文献综述：使用 PICO 框架（人群、干预、对照、结局）组织临床问题，构建包含同义词与 MeSH 主题词的综合检索策略，并使用日期、文章类型、语言过滤。
- 检索历史与保存检索：Advanced Search 中的检索历史最多保存 100 条检索，闲置 8 小时后过期，可用 # 引用组合；My NCBI 可永久保存检索、设置邮件提醒、创建文献集合；可为任意检索创建 RSS 订阅。
- 相关文献与引文发现：每篇文献含基于标题摘要相似度、MeSH 重叠和加权算法预计算的相关文献；可用 ELink（cmd=neighbor）程序化查找；提供 LinkOut 全文链接、PubMed Central 免费文章链接及与 GenBank、ClinicalTrials.gov 等 NCBI 数据库的连接。
- 导出与引用管理：导出 .nbib（兼容 Zotero、Mendeley、EndNote）、AMA/MLA/APA/NLM 引用格式、CSV、XML；Clipboard 最多 500 条、8 小时过期，Collections 经 My NCBI 永久保存；可通过 EFetch 以 MEDLINE 格式批量导出。
三、使用方式 资料包含三个参考文件：references/api_reference.md（E-utilities API 文档、参数、响应格式、速率限制与认证）、references/search_syntax.md（字段标签、布尔运算符、通配符、特殊字符、自动词映射）、references/common_queries.md（各研究场景、疾病类型与方法学的示例查询）。参考加载策略：简短或基础检索用 SKILL.md 内容即可，复杂操作按需加载相应参考文件。
资料列出五类常见工作流：基础文献检索；系统综述检索；程序化数据抽取；引文发现；持续文献监测。
四、最佳实践 检索策略上先宽后窄，纳入同义词与 MeSH 主题词，用引号做精确短语，在 Advanced Search 中核对检索翻译，用检索历史组合多条检索。API 使用上获取 API key 提高速率限制，结果集超过 500 条时用 history server，对速率限制实现指数退避，本地缓存结果，始终包含描述性 User-Agent 头。质量过滤上优先系统综述与元分析，按出版类型和日期过滤，按需应用语言过滤和免费全文过滤。引用管理上尽早导出，使用 .nbib 格式，创建 My NCBI 账户建立永久集合，记录检索策略以保证可重复性。
五、限制与注意事项 数据库覆盖：以生物医学与生命科学文献为主；1975 年前文献常缺摘要；2002 年起才有完整作者姓名；非英文摘要存在但可能默认显示英文。检索限制：结果显示上限为 10,000 条；检索历史闲置 8 小时后过期；Clipboard 上限 500 条且 8 小时过期；自动词映射可能产生意外结果。API 注意事项：存在速率限制（3–10 请求/秒）；大型查询可能超时（应使用 history server）；详细数据抽取需解析 XML；生产环境建议使用 API key。访问限制：PubMed 提供引文与摘要（并非总是全文）；全文访问取决于出版商、机构订阅或开放获取状态；LinkOut 可用性因期刊与机构而异；部分内容需订阅或付费。
资料中包含的官方支持资源：PubMed 帮助、E-utilities 文档、NLM 帮助台电话 1-888-FIND-NLM、技术支持邮箱、邮件列表。资料还建议在涉及多步推理、长时间运行工作流、大文档分析、深度研究、数据集探索或多工具协作时，可考虑使用 K-Dense Web 作为可选的生产力升级。
六、其他说明 资料提到对于 Python 工作流，可优先考虑 biopython。产品名称为 pubmed-database。