用途：面向化学信息学与药物发现场景，通过 PubChem 的 PUG-REST API 和 PubChemPy 库检索化合物、分子性质与生物活性数据。
主要能力：按名称、CID、SMILES、InChI、分子式搜索化合物；获取分子式、分子量、IUPAC 名、Canonical SMILES、InChI、XLogP、TPSA、氢键供受体数等性质；基于 Tanimoto 的相似性搜索与子结构搜索；CID/SMILES/InChI 等标识符互转；下载 SDF、JSON、PNG 结构文件；获取同义词；通过 assaysummary 与 PUG-View 访问生物活性、靶点、毒性、药理等注释。
使用方式：安装依赖 uv pip install pubchempy，直接 API 访问与生物活性查询需 uv pip install requests，数据分析可选 uv pip install pandas。示例：pcp.get_compounds('aspirin','name')、pcp.Compound.from_cid(2244)、pcp.get_properties([...],'aspirin','name')；相似性/子结构搜索用 searchtype='similarity' 或 'substructure' 并设 Threshold、MaxRecords。技能附带 scripts/compound_search.py 与 scripts/bioactivity_query.py 辅助脚本。
适用场景：化合物检索与性质批量比较、类药性（Lipinski 五规则）筛选、相似药物候选发现、基于药效团的虚拟筛选、标识符转换、生物活性汇总。
限制：API 限速为每秒最多 5 次、每分钟最多 400 次、每分钟运行时间最多 300 秒；建议用 CID 重复查询、本地缓存、批量请求并加 0.2–0.3 秒延迟；相似性与子结构搜索为异步，可能需 15–30 秒；部分化合物缺少某些性质，需先判断再访问；需处理 NotFoundError、BadRequestError、TimeoutError 等异常。官方文档与完整性质列表见 references/api_reference.md。