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protocol_video_matching

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更新于 10-16 03:58

技能介绍

用途 protocol_video_matching 用于把实体实验台与数字实验方案连接起来,持续将第一人称 XR 头显(如 Meta Quest、HoloLens 2、Magic Leap)的视频流与结构化方案文本进行实时对齐。适用于以下情况:操作者佩戴第一人称 XR 头显执行湿实验方案(PCR、细胞培养、CRISPR 编辑、RNA 提取、Western blot 等)并需要实时分步指导或合规校验;实验室管理者需要事后或实时记录以证明方案被准确遵循,包括时间、试剂体积、温度设定点和动作顺序;需要在跳过步骤、顺序错误或参数错误(移液体积、孵育时间、试管标签错误)时立即打断或警告操作者;受训者学习复杂方案时需要空间标注、步骤完成确认与错误解释;受监管工作流(临床样本处理、诊断检测)需要带时间戳、逐帧准确的审计轨迹;远程负责人需要自动标注方案遵循情况的实时或录制画面以便选择性介入;机械臂(Opentrons、Hamilton)执行方案时,需通过头顶或腕部相机验证其与数字孪生方案的一致性。

主要能力

  1. 方案解析与动作图构建:从 Markdown、protocols.io JSON、Benchling ELN 条目、纯文本 SOP、PDF/DOCX(经 MarkItDown)或结构化 JSON/YAML 读取方案;将复合步骤拆分为原子动作节点;提取并索引关键参数(体积、浓度、温度、时长、离心速度、试剂名称)为带类型约束;构建编码前置顺序、分支条件和可并行子步骤的 DAG;追踪方案版本差异并高亮变更步骤。
  2. 基于 VLM 的实时视频帧分析:以最高 10 fps 处理实时 XR 视频流,识别移液、装离心机、标管、加试剂、点胶、调焦等 40 余种常见湿实验手势;通过 OCR(pytesseract / EasyOCR)读取试管标签、仪器显示屏和试剂瓶文字;根据移液器型号识别与视觉柱塞位置推断大致移液体积;用 XR 设备时钟为每个检测到动作打时间戳并写入结构化事件日志(JSON-LD);将检测到的实验对象映射到 XR 世界坐标以放置叠加内容。
  3. 偏差检测与合规评分:将观察到的动作序列与预期方案图持续比对;用句向量余弦相似度(sentence-transformers)或基于 LLM 的等价性检查做模糊语义匹配;将偏差分类为 STEP_SKIPPED、STEP_OUT_OF_ORDER、WRONG_PARAMETER(体积、时间、温度、试剂)、TIMING_VIOLATION、LABELING_ERROR、EQUIPMENT_MISMATCH;按对实验有效性的下游影响给出严重度(CRITICAL、MAJOR、MINOR);输出每个方案小节滚动的 0–100 合规分及可用于 ELN 附件的最终会话分;标记接近正确但超出容差边界的近失(如要求 50 µL 而实际分配 48 µL,在 5% 内则视为 MINOR WARNING)。
  4. 实时 XR 纠正指导叠加:将纠正与确认作为空间智能锚定在操作者视野中;台面边缘悬浮空间清单,VLM 验证后自动勾选确认步骤;偏差打断时在相关对象(试管、仪器、移液器)上显示彩色高亮框(红色 = CRITICAL,琥珀色 = MAJOR)并附一句纠正指令;通过 XR 头显音频通道发送 TTS 纠正消息,可选语音确认(“Confirmed”)后继续;当前步骤超时前 3 秒用空间箭头或文字提示下一步;以 20% 不透明度叠加方案参考照片供比对。
  5. 审计轨迹与报告生成:生成结构化事件日志,对每个观测动作、匹配的方案步骤、偏差记录和纠正确认进行完整 JSON-LD 记录,带 ISO 8601 时间戳;自动生成会后合规报告(PDF / Markdown),含合规分、偏差表、标注视频时间线和操作者签名字段,可附入 GLP 或经 Benchling API 写入 ELN;导出带烧录叠加的 MP4,显示步骤进度条、偏差高亮和合规分时间线;可选经 API 将偏差表和合规分同步到 Benchling ELN 或 Notion 数据库。
  6. 离线与边缘推理模式:支持在无云连接的 BSL-2/3 环境中完全本地运行;在 NVIDIA Jetson Orin 或 MacBook M 系列上与 XR 头显同址运行量化 VLM(LLaVA-1.6-7B-GGUF、MedFlamingo);会话开始时预解析并序列化方案为二进制动作图以实现零延迟查询;网络恢复后将排队事件日志推送至中央 ELN 或 LabOS 数据中枢。

使用方式 可通过自然语言触发,例如:“我要开始 RNeasy RNA 提取方案,用 HoloLens 观察我的手,若有遗漏步骤或加错体积请告诉我。”输入可包括方案来源(protocols.io 链接)、视频流(xr:// 地址)、操作者 ID、模式(实时 / post-hoc / robot)等。流程通常为:解析方案为原子动作节点 → 以指定帧率开始 VLM 帧分析 → 匹配并确认步骤或检测偏差 → 在 XR 中叠加高亮、语音和空间提示 → 输出会话报告或合规报告。另一个例子是事后合规报告,输入录制视频文件与 SOP 文本,以 2 fps 抽帧批量运行 VLM 动作识别,对齐到方案图并生成偏差表与合规分。机器人验证例子中,输入头顶摄像头视频流与 Opentrons 协议 JSON,将协议解析为转移动作图后由 VLM 监测移液位置与体积,偏差时向 XR HUD 报警并通知 Slack 与 ELN。

集成说明 方案解析可使用 protocolsio-integration、benchling-integration、markitdown;云端 VLM 推理可使用 GPT-4o Vision、Gemini 1.5 Pro、Claude 3.5 Sonnet;边缘 VLM 推理可使用 LLaVA-1.6-7B-GGUF、MedFlamingo、Moondream2;OCR 可使用 pytesseract、EasyOCR、surya;动作嵌入与匹配可使用 sentence-transformers(all-MiniLM-L6-v2);报告生成可使用 reportlab、matplotlib、markitdown;XR 叠加交付可使用 OpenXR API、HoloLens MRTK、Meta XR SDK;审计日志存储为 JSON-LD 并可写入 lamindb、Benchling ELN、Notion API;机器人集成可使用 pylabrobot、Opentrons Python API。

限制 资料未提供具体的收费方式、价格、平台可用性、性能上限、准确率指标或部署前提等信息,相关内容暂未提供。