SuperAPI AI 工具集

Protein Interaction Network Analysis

数据与分析

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更新于 10-16 03:39

技能介绍

用途:对一组蛋白质进行蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络分析,采用四阶段流程:标识符映射、网络检索、功能富集分析,以及可选的 SAXS/SANS 结构数据查询。适用于发现单个蛋白的互作伙伴、验证蛋白复合物是否形成功能模块、发现富集通路等场景。

主要能力:STRIG 主检索(无需 API key),BioGRID 作为回退(需 API key),SASBDB 提供溶液结构;输出蛋白映射成功率、互作边及置信度(0-1)、GO/KEGG/Reactome 富集项与 FDR、PPI 富集 p 值。

使用方式:安装 pip install tooluniverse(或 pip install tooluniverse[all]),设置 .env 中的 BIOGRID_API_KEY。调用 analyze_protein_network(tu=tu, proteins=["TP53","MDM2"], species=9606, confidence_score=0.7),可选 include_biogrid、include_structure。常用物种 ID:9606 人、10090 小鼠、10116 大鼠、7227 果蝇、6239 线虫、7955 斑马鱼、559292 酵母。

限制:ToolUniverse 会输出大量警告并增加每次工具调用 4-8 秒开销;BioGRID 需免费 API key;SASBDB 接口偶发错误;未提供收费与价格信息。