用途
该技能用于访问 RCSB PDB——全球生物大分子三维结构数据仓库，检索实验测定的结构及计算模型，获取坐标文件与元数据，并支持将 PDB 数据集成到计算工作流中。
主要能力
1. 结构检索
- 文本检索：按蛋白质名称、关键词或描述查找条目。
- 属性检索：按生物体、分辨率、实验方法等属性查询。
- 序列相似性检索：查找与给定序列相似的结构。
- 结构相似性检索：查找三维几何相似的结构。
- 组合查询：使用逻辑运算符构建复杂检索。
2. 结构数据获取
- 获取条目级信息（标题、实验方法等）。
- 获取聚合物实体信息（蛋白质/核酸序列等）。
- 使用 GraphQL 进行灵活查询。
3. 结构文件下载
- PDB 格式（传统文本格式）：https://files.rcsb.org/download/{PDB_ID}.pdb
- mmCIF 格式（现代标准）：https://files.rcsb.org/download/{PDB_ID}.cif
- BinaryCIF（压缩二进制）：通过 ModelServer API 访问
- 生物组装体：https://files.rcsb.org/download/{PDB_ID}.pdb1
4. 结构数据处理
- 使用 BioPython 等库解析和分析坐标。
- 提取元数据（分辨率、方法、沉积日期等）。
5. 批量操作
- 对多个结构进行批量获取与处理。
使用方式
安装官方 RCSB PDB Python API 客户端：
# 当前推荐包
uv pip install rcsb-api
# 旧版代码（已弃用，请改用 rcsb-api）
uv pip install rcsbsearchapi
rcsb-api 包通过 rcsbapi.search 和 rcsbapi.data 模块统一提供 Search 与 Data API 的访问。
适用场景
- 药物发现：检索药物靶点结构、分析配体结合位点、比较蛋白质-配体复合物、识别相似结合口袋。
- 蛋白质工程：查找同源结构用于建模、分析序列-结构关系、比较突变体结构、研究蛋白质稳定性与动力学。
- 结构生物学研究：下载结构用于计算分析、构建基于结构的比对、分析结构特征、比较实验方法与质量指标。
- 教育与可视化：获取教学用结构、生成分子可视化、探索结构-功能关系、研究进化保守性。
关键概念
- PDB ID：每个结构条目的唯一 4 字符标识符（如 "4HHB"）。AlphaFold 和 ModelArchive 条目以 "AF_" 或 "MA_" 前缀开头。
- mmCIF/PDBx：现代文件格式，采用键值结构，替代传统 PDB 格式以支持大型结构。
- 生物组装体：大分子的功能形式，可能包含来自不对称单元的多条链拷贝。
- 分辨率：晶体学结构细节的度量（值越低细节越高）。高质量结构通常在 1.5-3.5 Å 范围。
- 实体：结构中的唯一分子组件（蛋白质链、DNA、配体等）。
限制
暂未提供关于收费、价格或平台限制的明确信息。
参考资源
该技能在 references/ 目录中包含参考文档：
- references/api_reference.md：涵盖详细 API 端点规范、高级查询模式与示例、数据模式参考、速率限制与最佳实践、常见问题排查。
其他资源：
- RCSB PDB 网站：https://www.rcsb.org
- PDB-101 教育门户：https://pdb101.rcsb.org
- API 文档：https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-apis-overview
- Python 包文档：https://rcsbapi.readthedocs.io/
- Data API 文档：https://data.rcsb.org/
- GitHub 仓库：https://github.com/rcsb/py-rcsb-api