用途:该技能通过 Metabolomics Workbench REST API 查询代谢物结构、研究数据、标准化命名、质谱搜索以及基因/蛋白-代谢物关联。
主要能力:
- 化合物查询:按 PubChem CID、InChI Key、KEGG ID、HMDB ID 等检索,下载 MOL/PNG 结构,跨库交叉引用。如 GET https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/compound/pubchem_cid/5281365/all/json
- 研究数据:按代谢物、机构、研究者或标题检索研究,获取摘要、实验因素、mwTab 文件及非靶向数据。如 GET .../study/study_id/ST000001/summary/json
- RefMet 命名标准化:名称匹配、按分子式/精确质量/InChI Key 查询、四级分类。如 GET .../refmet/match/citrate/name/json
- 质谱 m/z 搜索:指定加合物与容差,支持 MB、LIPIDS、RefMet 库。如 GET .../moverz/MB/635.52/M+H/0.5/json
- MetStat 过滤:按分析方法、极性、色谱、物种、样本来源、疾病筛选,分号分隔。如 GET .../metstat/LCMS;POSITIVE;HILIC;Human;Blood;Diabetes/json
- 基因与蛋白:按符号、名称或 ID 查询。如 GET .../gene/gene_symbol/ACACA/all/json
使用方式:以 HTTP GET 调用 REST 端点,URL 末尾加 /json(默认)或 /txt 指定格式。建议先用 RefMet 标准化名称再查询研究;m/z 搜索选用正确加合物与容差(低分辨约 0.5 Da,高分辨约 0.01 Da);缓存常用参考数据;注意处理较大结果集,并尽量跨库校验标识符。
适用场景:代谢物结构查询、研究元数据检索、命名标准化、质谱候选物识别、疾病相关代谢组学探索及基因-代谢物关联分析。
限制:未提供具体速率限制、认证要求、定价、平台依赖或额外使用步骤等信息。详细 API 规范需查阅 references/api_reference.md。